如何在 python 环境中获得可用于 rpy2 的 x11()？答案

【问题标题】：how can I get x11() available for rpy2 in python environment?如何在 python 环境中获得可用于 rpy2 的 x11()？
【发布时间】：2018-08-29 21:57:37
【问题描述】：

我正在尝试使用 rpy2 库在 python 3 中绘制一个简单的图表：

import rpy2.robjects as robjects

r = robjects.r

x = robjects.IntVector(range(10))
y = r.rnorm(10)

r.X11(1,1)

r.layout(r.matrix(robjects.IntVector([1,2,3,2]), nrow=2, ncol=2))
r.plot(r.runif(10), y, xlab="runif", ylab="foo/bar"

但我收到此错误：

/Users/Irbin/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:145: RRuntimeWarning: Error in (function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  : 
X11 is not available
warnings.warn(x, RRuntimeWarning)---------------------------------------------------------------------------
RRuntimeError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-bdd0b9cb9184> in <module>()
----> 1 import codecs, os, ast;__pyfile = codecs.open('''/var/folders/7q/2v_j6pcx0bb9jq2r_4b2b30w0000gn/T/pyDtdUIr''', encoding='''utf-8''');__code = __pyfile.read().encode('''utf-8''');__pyfile.close();os.remove('''/var/folders/7q/2v_j6pcx0bb9jq2r_4b2b30w0000gn/T/pyDtdUIr''');__block = ast.parse(__code, '''/Users/Irbin/Downloads/scratch.py''', mode='exec');__last = __block.body[-1];__isexpr = isinstance(__last,ast.Expr);__block.body.pop() if __isexpr else None;exec(compile(__block, '''/Users/Irbin/Downloads/scratch.py''', mode='exec'));eval(compile(ast.Expression(__last.value), '''/Users/Irbin/Downloads/scratch.py''', mode='eval')) if __isexpr else None

~/Downloads/scratch.py in <module>()
  6 # r Into (run inside sub codes)
  7 
----> 8 
  9 import pdb
 10 

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/functions.py in __call__(self, *args, **kwargs)
176                 v = kwargs.pop(k)
177                 kwargs[r_k] = v
--> 178         return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)
179 
180 pattern_link = re.compile(r'\\link\{(.+?)\}')

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/functions.py in __call__(self, *args, **kwargs)
104         for k, v in kwargs.items():
105             new_kwargs[k] = conversion.py2ri(v)
--> 106         res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
107         res = conversion.ri2ro(res)
108         return res

RRuntimeError: Error in (function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  : 
X11 is not available

我用谷歌搜索了它，我了解到 X11 在 OSX 上对于图形来说是必需的。当我用 rpy2 检查它时，我得到以下信息：

print(robjects.r("capabilities()"))

jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       FALSE        TRUE 
http/ftp     sockets      libxml        fifo      cledit       iconv 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE 
NLS     profmem       cairo         ICU long.double     libcurl 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

这表明 X11() 不可用（FALSE），但如果我运行本机 R 并编写相同的指令 X11() 可用，如您所见：

capabilities()

jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE 
http/ftp     sockets      libxml        fifo      cledit       iconv 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       FALSE        TRUE 
NLS     profmem       cairo         ICU long.double     libcurl 
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

那么，如何在 python 环境中获得可用于 rpy2 的 x11()？

谢谢，

【问题讨论】：

标签： python r x11 rpy2 xquartz

【解决方案1】：

X11 在我这边工作。

当您观察到 rpy2 中的 R 与“系统上的常规 R”之间的差异时，这通常意味着使用了不同的 R 安装。

有一个小实用模块告诉用户更多关于 R rpy2 正在使用的信息：

python -m rpy2.situation

这是否与具有 x11 的 R 匹配？

【讨论】：