如何设置环境变量 R_user 在 python 中使用 rpy2

Question

我无法在 python 中运行 rpy2。

使用此代码

 import rpy2.robjects as robjects

以下是完整的例外情况：

---

RuntimeError: R_USER 未定义。

文件“d:\py\r\r.python.py”，第 1 行，在

  import rpy2.robjects as robjects

File "c:\Python27\Lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 17, in <module>
  from rpy2.robjects.robject import RObjectMixin, RObject

File "c:\Python27\Lib\site-packages\rpy2\robjects\robject.py", line 5, in <module>
  rpy2.rinterface.initr()

---

我正在使用 windows xp win32 这是我的位置：

C:\Python27\Lib\site-packages\rpy2\robjects\robject.py

C:\Program Files\R\R-2.15.0\bin\i386\R.exe

C:\Python27\python.exe

Answer 1

结合answers from @laven_qa 和@user3758274，这对我有用：

# installing steps after downloading .whl from http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2
import pip
pip.main(["install", "C:/Users/YOUR_USERNAME/Downloads/rpy2-2.8.6-cp36-cp36m-win_amd64.whl"]) # Path to the file that was downloaded from the website above

# setting temporary PATH variables
import os
os.environ['R_HOME'] = 'C:\Program Files\Microsoft\R Open\R-3.4.0' #path to your R installation
os.environ['R_USER'] = 'C:\ProgramData\Anaconda3\Lib\site-packages\rpy2' #path depends on where you installed Python. Mine is the Anaconda distribution

# importing rpy2
import rpy2.robjects as robjects

# test : evaluating R code
robjects.r('''
        # create a function `f`
        f <- function(r, verbose=FALSE) {
            if (verbose) {
                cat("I am calling f().\n")
            }
            2 * pi * r
        }
        # call the function `f` with argument value 3
        f(3)
        ''')

# returns : 
> R object with classes: ('numeric',) mapped to:
> <FloatVector - Python:0x000000000C260508 / R:0x000000000F2872E8>
> [18.849556]

Answer 2

对于即时和临时的解决方案，您可以在导入 rpy2 之前添加以下代码：

import os
os.environ['R_HOME'] = 'C:/program files/R-3.3.1'

值得注意的是，您应该在路径中使用反斜杠而不是斜杠。

Answer 3

如果您想将 Python 与 rpy2 一起使用，但又想继续使用您的 RStudio，请不要忘记将 RStudio 也添​​加到您的路径中，否则您会遇到一些路径问题。

你可以根据@user3758274改变你的路径：

更改R计算机的路径->属性->高级和系统设置->用户变量字段中的环境变量添加C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\x64（我的系统是windows 64bit）到路径

在系统变量字段中添加两个新变量

R_HOME    c:\program files\r\r-3.0.2

R_USER    C:\Users\"your user name"\Anaconda\Lib\site-packages\rpy2

然后将 RStudio 添加到您的 R_USER 系统变量中，这样您将获得：

R_USER    C:\Program Files\RStudio\bin;C:\Users\"your user name"\Anaconda\Lib\site-packages\rpy2

Answer 4

这是我修复 R 包版本 3.0.2 python 版本 2.7 平台 ipython 笔记本的方式。

更改R计算机的路径->属性->高级和系统设置->环境变量

在用户变量字段中添加C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\x64（我的系统是windows 64bit）到路径

在系统变量字段中添加两个新变量

R_HOME c:\program files\r\r-3.0.2

R_USER C:\Users\"your user name"\Anaconda\Lib\site-packages\rpy2

Answer 5

哦，nvm .. 我解决了这个问题 .. 我就是这样做的，以防万一有人遇到同样的问题。 我必须将 PYTHONPATH 指定到存储的 rpy2.robjects 位置

这里有详细信息： 我的电脑 > 系统属性 > 高级 > 环境变量：

在系统变量下创建或编辑您的

Variable name : PYTHONPATH 

Variable value : C:\Python27\Lib\site-packages\rpy2;C:\Program Files\R\R-2.15.0\bin\i386;C:\Python27\Lib\site-packages\rpy2\robjects

这应该有效，享受吧。