R) Counts.csv.gz 文件到 Seurat 对象答案

【问题标题】：R) Counts.csv.gz file to Seurat objectR) Counts.csv.gz 文件到 Seurat 对象
【发布时间】：2020-10-23 03:09:24
【问题描述】：

我通常通过Read10X函数将过滤后的特征bc矩阵包括barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz和matrix.mtx.gz文件导入R环境，并通过CreateSeuratObject函数将数据转换为Seurat对象。

但是，我发现一些公开可用的已处理scRNA-seq data 仅以counts.csv.gz 文件的格式共享。因此，我尝试通过以下命令将counts.csv.gz 文件转换为 Seurat 对象；

countsData

但是，发生了以下错误。

CreateAssayObject 中的错误（计数 = 计数，min.cells = min.cells，min.features = min.features）：输入矩阵中不存在特征名称（行名称）名称

这是 counts.csv 文件，看起来像这样。我该如何解决这个问题？

【问题讨论】：

标签： r seurat

【解决方案1】：

首先，计数矩阵作为CreateSeuratObject() 的输入应该具有列中的单元格和行中的特征。看来您应该使用 t() 将导入的计数与行名进行转换。

我建议你这样做：

countsData <- read.csv(file = "~path/TUMOR1_counts.csv", header = TRUE, row.names = 1)
Tumor2 <- CreateSeuratObject(counts = t(countsData), project = "Tumor2", min.cells = 3, min.features = 200)

【讨论】：

感谢您的回复。当我尝试您推荐的以下命令时（countsData
而且.. 当我只通过 t() 转换导入的计数时，我得到了这个错误； “CreateAssayObject 中的错误（counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features）：输入矩阵中不存在单元名称（colnames）名称”
@Juhee 我认为数据集有重复的单元格名称。试试没有row.names=1的代码。