Seurat 对象的条件子集答案

【问题标题】：Conditional subsetting of Seurat objectSeurat 对象的条件子集
【发布时间】：2022-07-07 02:03:54
【问题描述】：

我有一个Seurat 对象，我已经运行过doubletFinder。我正在尝试根据seurat_object@meta.data[["DF.classifications_0.25_0.03_252"]] 下被归类为“Singlet”的单元格对对象进行子集化，并且可以通过执行以下操作来实现：

seurat_object <- subset(seurat_object, subset = DF.classifications_0.25_0.03_252 == 'Singlet') #this approach works

我想自动化这个过程，但DF.classifications_0.25_0.03_252 的_0.25_0.03_252 是基于预先计算的值，并且不会提前知道。我可以通过执行以下操作来弄清楚它是什么：

meta_data = colnames(seurat_object@meta.data)[grepl("DF.classification", colnames(seurat_object@meta.data))]

其中meta_data = 'DF.classifications_0.25_0.03_252' 是一个字符类。

但是，当我尝试执行以下任何操作时：

seurat_object <- subset(seurat_object, subset = meta_data == 'Singlet') #this approach does not recognize meta_data
seurat_object <- subset(seurat_object, subset = seurat_object@meta.data$meta_data == 'Singlet') #this approach does not work
seurat_object <- subset(seurat_object, subset = seurat_object@meta.data[[meta_data]] == 'Singlet') #this approach does not work

我收到一条错误消息：

Error in FetchData(object = object, vars = unique(x = expr.char[vars.use]),  :   
  None of the requested variables were found: 
Calls: remove_doublets ... subset.Seurat -> WhichCells -> WhichCells.Seurat -> FetchData
Execution halted

我不知道如何使用meta_data 变量执行条件匹配。有谁知道我如何自动化子集流程？ 提前非常感谢。

【问题讨论】：

标签： r subset seurat

【解决方案1】：

这行得通。

seurat_object = seurat_object[, seurat_object@meta.data[, meta_data] == "Singlet"]

但我特别不明白为什么这个不起作用：

seurat_object <- subset(seurat_object, subset = seurat_object@meta.data[[meta_data]] == 'Singlet')

如果有人能告诉我为什么后者不起作用，我将不胜感激。

【讨论】：

【解决方案2】：

@cer：

但我特别不明白为什么这个不起作用： seurat_object <- subset(seurat_object, subset = seurat_object@meta.data[[meta_data]] == 'Singlet')

双括号中的名称应该放在引号 [["meta_data"]] 中，并且应该作为列名存在于 meta.data data.frame 中（至少正如我在自己的 seurat obj 中看到的那样）

感谢您的回复！

【讨论】：