在 for 循环期间检索 R 中的 Seurat 对象名称

【问题标题】：retreive Seurat object name in R during a for loop在 for 循环期间检索 R 中的 Seurat 对象名称
【发布时间】：2020-05-18 14:26:52
【问题描述】：

我正在研究 Seurat 上的单细胞 rna-seq，我正在尝试在 Seurat 对象上创建一个 for() 循环，以绘制几个平均基因表达的热图。

for(i in c(seuratobject1, seuratobject2, seuratobject3)){
  cluster.averages <- data.frame(AverageExpression(i, features = genelist))
  cluster.averages$rowmeans <- rowMeans(cluster.averages)
  genelist.new <- as.list(rownames(cluster.averages))
  cluster.averages <- cluster.averages[order(cluster.averages$rowmeans),]
  HMP.ordered <- DoHeatmap(i, features = genelist.new, size = 3, draw.lines = T)
  ggsave(HMP.ordered, file=paste0(i, ".HMP.ordered.png"), width=7, height=30)

ggsave 行不起作用，因为它将 i 作为 seurat 对象。因此我的问题是：如何让 ggsave() 使用存储在“i”中的 seurat 对象的名称？

我尝试了substitute(i) 和deparse(substitute(i)) 都没有成功。

【问题讨论】：

将这些对象放入一个命名列表并循环遍历这些名称。在这里查看我的答案：make a list of data.frames

标签： r for-loop seurat ggsave

【解决方案1】：

简短的回答：你不能。

长答案：使用substitute 或类似名称尝试获取i 的名字会给你……i。（这对于 函数参数 是不同的，substitute(arg) 为您提供调用的参数表达式。）

您需要改用 named 向量。理想情况下，您应该将 Seurat 对象放在一个列表中。但是要即时创建这样的列表，您可以使用get：

names = c('seuratobject1', 'seuratobject2', 'seuratobject3')

for(i in names) {
    cluster.averages <- data.frame(AverageExpression(get(i), features = genelist))
    # … rest is identical …
}

也就是说，我通常强烈反对使用get 并将本地环境视为数据结构。列表和向量被设计用于这种情况。

【讨论】：