NormalizeData.default 在 R 中的集成 seurat 对象上运行 DoubletFinder 时出错答案

【问题标题】：Error in NormalizeData.default running DoubletFinder on an integrated seurat object in RNormalizeData.default 在 R 中的集成 seurat 对象上运行 DoubletFinder 时出错
【发布时间】：2020-06-08 16:10:37
【问题描述】：

我正在尝试在由各种数据集集成产生的 seurat 对象上运行 DoubletFinder。

Seurat 对象有 2 种检测方法：RNA 和整合。

集成的 seurat 对象已被完全处理：

标准化和 FindVariableFeature 预集成
集成对象上的ScaleData、RunPCA、FindNeighbors、FindClusters、RunUMAP。

DoubletFinder 的 paramSweep_v3() 函数给出以下输出：

sweep.res.list <- paramSweep_v3(integrated.seu, PCs = 1:38, sct = FALSE)
Loading required package: fields
Loading required package: spam
Loading required package: dotCall64
Loading required package: grid
Spam version 2.5-1 (2019-12-12) is loaded.
Type 'help( Spam)' or 'demo( spam)' for a short introduction 
and overview of this package.
Help for individual functions is also obtained by adding the
suffix '.spam' to the function name, e.g. 'help( chol.spam)'.

Attaching package: ‘spam’

The following object is masked from ‘package:R.utils’:

    cleanup

The following objects are masked from ‘package:base’:

    backsolve, forwardsolve

Loading required package: maps
See https://github.com/NCAR/Fields for
 an extensive vignette, other supplements and source code 
[1] "Creating artificial doublets for pN = 5%"
[1] "Creating Seurat object..."
[1] "Normalizing Seurat object..."
Error in NormalizeData.default(object = GetAssayData(object = object,  : 
  trying to get slot "params" from an object of a basic class ("NULL") with no slots

为什么这表明我的 Seurat 对象中没有插槽？

【问题讨论】：

标签： r rna-seq seurat

【解决方案1】：

DoubletFinder 自述文件明确指出您不应在聚合数据集上运行它。它会产生虚假的人造双峰：

[https://github.com/chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder][1]

不要将 DoubletFinder 应用于聚合的 scRNA-seq 数据，表示多个不同的样本（例如，多个 10X 泳道）。例如，如果你在代表 WT 和突变体的聚合数据上运行 DoubletFinder 跨不同 10X 泳道测序的细胞系，人工双联体将由 WT 和突变细胞生成，它们不能存在于您的数据。这些人造双峰会扭曲结果。值得注意的是，没关系对拆分单个样本生成的数据运行 DoubletFinder 跨越多个 10X 车道。

我通过读取单个样本、将它们单独聚类、运行 DoubletFinder、移除双峰然后运行集成工作流程来做到这一点。

【讨论】：