按集群导出 Seurat 对象数据

Question

我正在使用 Seurat 执行单细胞分析，并且有兴趣导出每个集群中所有细胞的数据。我尝试使用下面的代码，但没有成功。

我的 Seurat 对象名为 Patients。我还附上了我的 Seurat 对象的屏幕截图。我正在寻找提取所有集群（即Ductal1、Macrophage1、Macrophage2 等...）

meta.data.cluster <- unique(x = Patients@meta.data$active.ident)

for(group in meta.data.cluster) {
  group.cells <- WhichCells(object = Patients, subset.name = "active.ident" , accept.value = group)
  data_to_write_out <- as.data.frame(x = as.matrix(x = Patients@raw.data[, group.cells]))
  write.csv(x = data_to_write_out, row.names = TRUE, file = paste0(save_dir,"/",group, "_cluster_outfile.csv"))
}

我是 R 和编码的新手，非常感谢任何帮助！ :)

Answer 1

它不起作用，因为您的元数据下没有 active.ident 列。例如，如果我们使用像您这样的示例数据集并设置 ident：

library(Seurat)

M = matrix(rnbinom(5000,mu=20,size=1),ncol=50)
colnames(M) = paste0("P",1:50)
rownames(M) = paste0("gene",1:100)

Patients = CreateSeuratObject(M)
Patients$grp = sample(c("Ductal1","Macrophage1","Macrophage2"),50,replace=TRUE)
Idents(Patients) = Patients$grp

你可以看到这行代码没有给你任何价值：

meta.data.cluster <- unique(x = Patients@meta.data$active.ident)
meta.data.cluster
NULL

你可以这样做：

meta.data.cluster <- unique(Idents(Patients))

for(group in meta.data.cluster) {
  group.cells <- WhichCells(object = Patients, idents = group)
  data_to_write_out <- as.data.frame(GetAssayData(Patients,slot = 'counts')[,group.cells])
  write.csv(data_to_write_out, row.names = TRUE, file = paste0(save_dir,"/",group, "_cluster_outfile.csv"))
}

请注意，您还可以使用 GetAssayData 计算出计数。您可以对一组进行子集化并这样写出：

wh <- which(Idents(Patients) =="Macrophage1" )
da = as.data.frame(GetAssayData(Patients,slot = 'counts')[,wh])
write.csv(da,...)