在 R/Python 中为边缘节点三角形邻接矩阵创建共同聚类答案

【问题标题】：Creating a co-clustering for the edge node triangle adjancy matrix in R/Python在 R/Python 中为边缘节点三角形邻接矩阵创建共同聚类
【发布时间】：2014-02-17 23:42:18
【问题描述】：

我有以下边（行）节点（列）三角形邻接矩阵，如果边属于三角形，我们在每个条目中都有一个。我想对这个矩阵进行联合聚类（但正如你所见，它不是传统的邻接矩阵）。如果在 R 中已经有一些协同聚类函数，那会怎样？我知道 R 在 blockcluster 中包含 cocluster 函数，但找不到一个很好的示例来使用它。 Python/R 代码/包应该适合我。

这是图表

library(igraph)
set.seed(1)
g <- erdos.renyi.game(15, .6)

73 x 15 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

 [1,] 1 1 . . . . . . . . . . . . .
 [2,] . 1 1 . . . . . . . . . . . .
 [3,] 1 . . . 1 . . . . . . . . . .
 [4,] . 1 . . 1 . . . . . . . . . .
 [5,] . . 1 . 1 . . . . . . . . . .
 [6,] . . . 1 1 . . . . . . . . . .
 [7,] 1 . . . . 1 . . . . . . . . .
 [8,] . . . 1 . 1 . . . . . . . . .
 [9,] 1 . . . . . 1 . . . . . . . .
[10,] . 1 . . . . 1 . . . . . . . .
[11,] . . 1 . . . 1 . . . . . . . .
[12,] . . . . . 1 1 . . . . . . . .
[13,] 1 . . . . . . 1 . . . . . . .
[14,] . . 1 . . . . 1 . . . . . . .
[15,] . . . 1 . . . 1 . . . . . . .
[16,] . . . . 1 . . 1 . . . . . . .
[17,] . . . . . 1 . 1 . . . . . . .
[18,] . . . . . . 1 1 . . . . . . .
[19,] 1 . . . . . . . 1 . . . . . .
[20,] . . . 1 . . . . 1 . . . . . .
[21,] . . . . 1 . . . 1 . . . . . .
[22,] . . . . . 1 . . 1 . . . . . .
[23,] . . . . . . 1 . 1 . . . . . .
[24,] . . . . . . . 1 1 . . . . . .
[25,] 1 . . . . . . . . 1 . . . . .
[26,] . 1 . . . . . . . 1 . . . . .
[27,] . . 1 . . . . . . 1 . . . . .
[28,] . . . . 1 . . . . 1 . . . . .
[29,] . . . . . . 1 . . 1 . . . . .
[30,] . . . . . . . 1 . 1 . . . . .
[31,] . . . . . . . . 1 1 . . . . .
[32,] . . 1 . . . . . . . 1 . . . .
[33,] . . . 1 . . . . . . 1 . . . .
[34,] . . . . 1 . . . . . 1 . . . .
[35,] . . . . . 1 . . . . 1 . . . .
[36,] . . . . . . . 1 . . 1 . . . .
[37,] . . . . . . . . 1 . 1 . . . .
[38,] . 1 . . . . . . . . . 1 . . .
[39,] . . 1 . . . . . . . . 1 . . .
[40,] . . . 1 . . . . . . . 1 . . .
[41,] . . . . 1 . . . . . . 1 . . .
[42,] . . . . . 1 . . . . . 1 . . .
[43,] . . . . . . 1 . . . . 1 . . .
[44,] . . . . . . . 1 . . . 1 . . .
[45,] . . . . . . . . 1 . . 1 . . .
[46,] . . . . . . . . . . 1 1 . . .
[47,] 1 . . . . . . . . . . . 1 . .
[48,] . 1 . . . . . . . . . . 1 . .
[49,] . . 1 . . . . . . . . . 1 . .
[50,] . . . 1 . . . . . . . . 1 . .
[51,] . . . . . 1 . . . . . . 1 . .
[52,] . . . . . . 1 . . . . . 1 . .
[53,] . . . . . . . . 1 . . . 1 . .
[54,] . . . . . . . . . 1 . . 1 . .
[55,] . . . . . . . . . . 1 . 1 . .
[56,] 1 . . . . . . . . . . . . 1 .
[57,] . 1 . . . . . . . . . . . 1 .
[58,] . . 1 . . . . . . . . . . 1 .
[59,] . . . 1 . . . . . . . . . 1 .
[60,] . . . . . 1 . . . . . . . 1 .
[61,] . . . . . . . 1 . . . . . 1 .
[62,] . . . . . . . . . 1 . . . 1 .
[63,] . . . . . . . . . . 1 . . 1 .
[64,] . . . . . . . . . . . . 1 1 .
[65,] . 1 . . . . . . . . . . . . 1
[66,] . . . 1 . . . . . . . . . . 1
[67,] . . . . 1 . . . . . . . . . 1
[68,] . . . . . 1 . . . . . . . . 1
[69,] . . . . . . 1 . . . . . . . 1
[70,] . . . . . . . 1 . . . . . . 1
[71,] . . . . . . . . . . 1 . . . 1
[72,] . . . . . . . . . . . . 1 . 1
[73,] . . . . . . . . . . . . . 1 1

** cocluster 函数在这个矩阵上不起作用，即使我把它变成了一个标准矩阵。所以我不确定我是否可以在边缘节点三角形邻接矩阵上进行共聚类，或者只是标准邻接矩阵。请在投票否决这个问题或决定关闭它之前问我一些问题，我会尽量详细说明。

【问题讨论】：

我不认为coclustering函数包含在igraph中：igraph.org/r/doc。
@GaborCsardi 我在这个链接中提到了cocluster artax.karlin.mff.cuni.cz/r-help/library/blockcluster/html/… 如果igraph 有一个cocluster 函数，那就太好了
请提供更多信息，说明为什么coclustering 对您的矩阵失败（即失败时打印什么？）。我刚刚尝试过coclustering(as.matrix(m), datatype="binary", nbcocluster=c(3,3))，其中m 是一个稀疏矩阵，它对我来说非常好用。请注意，您需要 as.matrix(m)，因为 cocluster 似乎只适用于密集矩阵。

标签： python r graph machine-learning igraph

【解决方案2】：

library(igraph)

library(blockcluster)

set.seed(1)
g <- erdos.renyi.game(15, .6)
m <- get.adjacency(g)
m <- as.matrix(m)

cc <- cocluster(m, datatype="binary", nbcocluster=c(3,3))

效果很好。

【讨论】：