r 从邻接列表创建邻接矩阵或边列表

Question

我有一个邻接列表，我正在尝试将其放入邻接矩阵或边缘列表。这是为了对从邻接矩阵或边列表构建的网络进行网络分析。我正在使用 R。 邻接表示例如下（每行有不同数量的条目，空条目为NA）：

[17,50,90,NA,NA;
80,67,NA,NA,NA;
33,31,32, NA,NA;
33,31,32,NA,NA;
354,56,87,97,32;
....]

我尝试使用R: Adjacency list to Adjacency matrix，但这仅在我的邻接列表有两个条目时才有效（即一个组中有两个以上的邻居）。我得到了一个边缘列表，但只考虑了我列表中的前两个条目。

我也尝试使用From list to adjacency matrix，但使用igraph 和make_graph(unlist(mydata)) 导致错误："At type_indexededgelist.c:117 : cannot create empty graph with negative number of vertices, Invalid value"

我需要一个考虑到网络中权重的邻接矩阵（例如，如果条目 31 和 32 位于两行中，则它们的边权重为 2）。 感谢您的帮助。

Answer 1

我有一个邻接列表，我正在尝试将它变成一个 [...] 边缘列表。

也许你可以这样做

lst <- read.csv(header=F, comment.char=";", colClasses="integer", text="
17,50,90,NA,NA;
80,67,NA,NA,NA;
33,31,32,NA,NA;
33,31,32,NA,NA;
354,56,87,97,32;")
m <- as.matrix(lst)
e <- stack(split(m, row(m)))[,2:1]
(e <- e[complete.cases(e),])
# 1    1     17
# 2    1     50
# 3    1     90
# 6    2     80
# 7    2     67
# 11   3     33
# 12   3     31
# 13   3     32
# 16   4     33
# 17   4     31
# 18   4     32
# 21   5    354
# 22   5     56
# 23   5     87
# 24   5     97
# 25   5     32

或

e <- apply(lst, 1, function(x)x[!is.na(x)])
(e <- do.call(rbind, lapply(e, embed, 2))[,2:1])
#      [,1] [,2]
# [1,]   17   50
# [2,]   50   90
# [3,]   80   67
# [4,]   33   31
# [5,]   31   32
# [6,]   33   31
# [7,]   31   32
# [8,]  354   56
# [9,]   56   87
# [10,]   87   97
# [11,]   97   32

取决于你需要什么/你的“邻接列表”代表什么。