igraph

iGraph 可以使用igraph::count_triangles() 计算包含每个顶点的三角形的数量。是否有类似的函数可以为边缘提供此计数，或者有一种有效的方法来使用igraph::triangles() 的输出来执行此操作？... »

我想使用 R 版本 3 中的 igraph 包来测量接近中心度，特别是接近度和外部接近度。我使用包“network”中的数据集“flo”进行分析。 igraph 包的密度（graph.density）和中心化（centralization.degree）功能运行良好。但接近函数显示错误。代码和错误贴在下面： 代码： library(network) library(igraph) data(f... »

我想在 Julia-lang 中使用 Python 库 Igraph 的某些功能。我知道存在 Julia 包 Graphs，但我特别需要 Igraph。 我以前使用 PyCall 的 python 库，但这次我这样做了。 using PyCall @pyimport igraph 但我得到错误： @pyimport not defined 我当前的 Julia 版本是：0.4.0-de... »

我有一个名为g 的igraph 图形对象，带有一些边。我想让所有具有边缘的节点到某个节点 g = Graph.Tree(10, 2) print g IGRAPH U--- 10 9 -- + edges: 0--1 0--2 1--3 1--4 2--5 2--6 3--7 3--8 4--9 如果我选择节点1，那么我应该返回一个其他节点的列表，这些节点的边到节点1（图是无向的）。输出... »

为了加快我的代码速度，我正在使用 Cython。我想知道是否可以在 igraph 中修复 Graph 对象的属性类型？... »

我正在尝试导出一个 igraph 对象以供 Cytoscape 与 NetPathMiner 包一起使用，并且在尝试将其加载到 Cytoscape 中时，我得到了 与键权重相关的错误值 我正在使用的代码： G_sub <- delete.edges( G, E(G)[ E(G)$weight < threshold ] ) library(NetPathMiner) ... »

这应该很简单，但我想获得与图中所有顶点相关联的相互边的数量： library(igraph) ed <- data.frame(from = c(1,1,2,3,3), to = c(2,3,1,1,2)) ver <- data.frame(id = 1:3) gr <- graph_from_data_frame(d = ed,vertices = ver, directe... »

我有一个大文件，其中每一行都有一对 8 个字符串。比如： ab1234gh iu9240gh 在每一行。 这个文件真的代表了一个图，每个字符串都是一个节点ID。我想读入文件并直接制作一个 scipy 稀疏邻接矩阵。然后，我将使用 python 中提供的众多工具之一在此矩阵上运行 PCA 有没有一种巧妙的方法可以做到这一点，还是我需要先在 RAM 中制作一个图形，然后将其转换为一个稀疏矩阵... »

我在尝试获取两个网络/图表之间的交集时遇到了一些奇怪的事情。当我检查生成的交叉点时发现缺少节点，我希望了解为什么会发生这种情况。 最初我正在使用 python 3.5.2 / pandas 0.17.1。在 Linux Mint 18 上，重现问题的数据集和代码在链接上： Dataset and code 两个表（Test_01.ncol 和 Test_02.ncol 附在链接中）都是边列表。... »

我有 3 个子图，我想使用 Python 包 Igraph (v. 0.9.1) 获得它们的并集。我使用 Python v. 3.8.5。 让我们假设一个简单的例子，分别有 5 个、4 个和 8 个顶点的 3 个有向图。每个顶点都有一个名为“名称”的属性（我给每个顶点一个唯一的字符串标签）。 # Note: igraph version: 0.9.1 from igraph import * #... »

我是 R 新手，我开始使用 igraph 进行图形可视化。下面的示例创建了一个由 10 个顶点组成的简单网络，并根据颜色值对它们进行着色（在这种情况下，为了简单起见，我将其设置为与顶点的 id 相同）。 library(igraph) vertices <- 1:10 first <- 1:10 second <- c(2:10,1) edges = cbind(first,s... »

我正在尝试使用基于规则的 igraph 在 R 中创建一个图形。我有一个带有节点的图，每个节点都有几个属性。我想根据这些属性添加边缘。玩具示例： library(igraph) make_empty_graph() %>% add_vertices( nv = 5, attr = list( this_attr = sample(c("a", "b"),... »

我有一个包含 100 个顶点的图 g，我想从该图中删除一些顶点以获得 g1，但是当我这样做时，我希望保留 g 中每个顶点的位置。可以这样做吗？ par(mfrow=c(1,2)) g <- erdos.renyi.game(100, 1/100) comps <- clusters(g)$membership colbar <- rainbow(max(comps)+1) V(... »

我有以下二分（双模式）图的加权边列表，其中 A 和 B 是两种节点类型，W 是边的权重......（只有 6 个节点g) g <- read.table(text=" A B W 1 55 3 2 55 5 3 99 6 ",header=TRUE) 我想在igraph 中绘制此图。然而，从这种格式加载图表并不简单。我正在使用tnet，它可以很好地导出到我... »

autocurve.edges 在 igraph 图中弯曲边缘的工作非常出色，因此当它们指向同一方向时它们不会重叠。但是，当它们指向相反的方向时，不会应用曲率。 d <- data.frame(start=c("a","a","b","c"),end=c("b","b","c","b")) graph <- graph.data.frame(d, directed=T) plo... »

我在可视化 2 模式网络中的不同节点时遇到问题，希望有人能帮我找出错误。 我检查了以下相关问答， How to create a bipartite network in R with igraph or tnet 或者 Converting data form for 2mode network in r 但即使按照说明进行操作，也无法解决我的问题。 所以，这就是我所做的：我有一个包含两列（... »

我的目标是创建一个 igraph 图形对象，以后可以用它来绘制 ggraph。 我的整洁数据是包含不同数量项目的发票。 n 是原始样本中恰好一张发票的出现次数。例如，在以下包含面包、黄油和鸡蛋的发票类型 1 中，开具了 10 次发票。 #library(tidyverse) data <- tibble(invoicetype = c(1,1,1,2,2,3,3,4,4,4,4,4,5,... »

我在一些处理矩阵的 (Rcpp) 代码中使用 Armadillo 对象。 矩阵是邻接矩阵，我需要快速计算底层网络的组件，尽管我可以通过 igraph 来完成。 但是我已经无法将邻接矩阵转换为可以与igraph 一起使用的东西。 #include <RcppArmadillo.h> #include <iostream> #include <igraph-0.7... »

我想在 python 中制作一个加权的无向图。 我在文本文件 (all_edges.txt) 中有一个边缘列表，其中每行显示 2 个字母和一个数字 第一个和第二个字母是相互连接的节点，数字是对应边的权重。例如： A B 5 这表示节点A与节点B相连，对应边的权重为5。 这是我为从文本文件导入图形而编写的代码： from igraph import * import csv as ... »

我是igraph 的新手，我正在尝试绘制小世界网络，在其中我根据属性为顶点着色并突出显示特定链接。 假设我有一个具有 8 个顶点的网络 (myNet) 的邻接矩阵 (adj_matrix)： > adj_matrix [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [1,] 0 1 0 0 0 0 0 ... »