R中的Fisher精确检验答案

【问题标题】：Fisher exact test in RR中的Fisher精确检验
【发布时间】：2015-03-05 07:28:16
【问题描述】：

我有如下数据：

chr1    876499  A   517    G    948 A   353  G  964
chr1    877715  C   1166   G    883 C   555  G  944
chr1    877831  T   0      C    1   T   0    C  1
chr1    878314  G   933    C    666 G   89   C  106
chr1    878331  C   983    T    166 C   994  T  505

我想通过如下所示的方式从第 4、6、8 和 10 列制作一个矩阵来进行费希尔精确测试：

例如第一行：

       u    v
X   517   948
Y   353   964

它应该计算 Fisher 精确 p 值，并将其作为新列添加到每一行。由于我是 R 的新手，我没有任何代码。任何帮助都是有价值的。

谢谢。

【问题讨论】：

您是否尝试过任何方法，或搜索过如何在 R 中执行此测试的示例，或在您的 R 控制台中输入 ?fisher.test？
是的，但没有成功制作出如图所示的矩阵。
@rawr 谢谢。假设上述数据框中的计数数据，您能告诉我吗？

标签： r

【解决方案1】：

试试：

 d.frm <- read.table(textConnection("
 chr1    876499  A   517    G    948 A   353  G  964
 chr1    877715  C   1166   G    883 C   555  G  944
 chr1    877831  T   0      C    1   T   0    C  1
 chr1    878314  G   933    C    666 G   89   C  106
 chr1    878331  C   983    T    166 C   994  T  505
 "))

d.frm$pval <- apply(as.matrix(d.frm[, c(4,6,8,10)]), 1, 
                    function(x) fisher.test(matrix(x, nrow=2))$p.value)

【讨论】：