R Fisher 的精确计算答案

【问题标题】：R Fisher's exact calculationR Fisher 的精确计算
【发布时间】：2016-12-01 05:57:43
【问题描述】：

这是表格格式。每行包含列联 2X2 表的信息。我想通过费希尔精确检验计算优势比和相应的 p 值。之后，优势比和 p 值需要作为另一列添加到表中。

输入表如下所示：

A  B  C   D
1  1  10  77
2  6  9   72

例如：

A|C
---
B|D

等于

1|10
----
1|77

输出表应该是这样的：

A  B  C   D   OR    95CI   Pvalue
1  1  10  77  7.39  0.09;608.46  0.23
2  6  9   72  2.62  0.23;17.97   0.26

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

试试这个：创建新列并获取行数，以便在每一行上应用function(x)。

df <- data.frame(A = 1:2, B=c(1,6), C=c(10,9), D=c(77,72))

df$OR     <- NA
df$`95CI` <- NA
df$Palue  <- NA
N <- nrow(df)

sapply(1:N, function(x) {
  tmp <- fisher.test(matrix(unlist(df[x, 1:4]), nrow=2, ncol=2, byrow=T))
  df[x,5:7] <<- c(round(tmp$estimate, 2), paste(round(tmp$conf.int,2), collapse = ";"),  round(tmp$p.value, 2))
})



> df
  A B  C  D   OR        95CI Palue
1 1 1 10 77 7.39 0.09;608.46  0.23
2 2 6  9 72 2.63  0.23;17.97  0.26

【讨论】：

【解决方案2】：

遍历行，转换为矩阵，传递给fisher，然后美化输出：

cbind(df1,
      do.call(rbind,
              apply(df1, 1, function(i) {
                ft <- fisher.test(matrix(i, nrow = 2, ncol = 2))
                cbind.data.frame(
                  OR = round(ft$estimate, 2),
                  CI95 = paste(round(ft$conf[1], 2),
                               round(ft$conf[2], 2), sep = ";"),
                  Pvalue = ft$p.value)

              }))
      )

#             A B  C  D   OR        CI95    Pvalue
# odds ratio  1 1 10 77 7.39 0.09;608.46 0.2331461
# odds ratio1 2 6  9 72 2.63  0.23;17.97 0.2565293

【讨论】：