事后成对 Fisher 精确检验

Question

我以前有 2 因子 x 2 水平的实验，后来变成了 3 因子 x 2 水平的实验。

通过使用 paste，我可以从我的两个因素中创建 4 个独特的组，然后运行 ​​Fisher 检验，结果是有机体是生是死。

fisher.test(mortal$alv.dead,paste(mortal$Strain,mortal$capsule))

但是当我想研究各个组之间的成对比较时，我不得不进行一些不雅的过滤，以便一次只有两个组进入分析。现在我有更多的组，每次配对都手动编码太乏味了。所以这里是 Fisher 测试，用于在一次分析中测试所有组

fisher.test(mortal$alv.dead,paste(mortal$Strain,mortal$capsule,mortal$cassette))

如何设置创建和测试所有可能配对的方法？

Answer 1

使用函数combn() 相当容易。您应该考虑的唯一一件事是，当您将 fisher.test() 调用放入函数中时，combn 不会正确返回组的名称。

因此我们需要相应地调整列表中的元素：

一些玩具数据：

mortal <- data.frame(
      alv.dead = sample(c("alv","dead"),30,replace=T),
      train = sample(letters[1:3],30,replace=T),
      capsule = sample(letters[4:5],30,replace=T),
      cassette = sample(letters[6:7],30,replace=T)
      )

一些额外的变量

mortal$groups <- paste(mortal$train,mortal$capsule,mortal$cassette,sep="")
unique.groups <- unique(mortal$groups)

还有诀窍：

combn(unique.groups,2,function(x){
    id <- mortal$groups %in% x
    test <- fisher.test(table(mortal$alv.dead[id],mortal$groups[id]))
    test$data.name <-
      paste(
        unique(
          as.character(mortal$groups[id])
        ),collapse="-")
    return(test)}
  ,simplify=FALSE)