Fisher对数据框中行的精确检验 - R答案

【问题标题】：Fisher's exact test on rows in data frame - RFisher对数据框中行的精确检验 - R
【发布时间】：2018-10-12 17:27:16
【问题描述】：

我有一个包含 n 行的数据框，如下所示（一些额外的列包含未列出的其他信息）：

           R1counti    R1counto     R2counti    R2counto    R1    R2
sample1    100         100          1000        1000        1     1
smaple2    50          100          50           50         0.5   1

对于每一行，我想进行 Fisher 精确检验，以确定 R1 比率是否与 R2 比率显着不同（最终得到调整后的 p-val）

所需的输出（计数列仍包含在输出中）：

           R1    R2      pval
 sample1   1     1       1
 sample2   0.5   1       0.05

我想我可以这样做：

dataframe$p-val <- with(dataframe, p-val <- fisher.test(R1, R2, alternative= "two.sided"))

但我得到一个错误：

FEXACT error 40.
Out of workspace.

也许我没有正确处理这种情况。有什么建议吗？建议？我可以进行这样的渔民测试吗？

【问题讨论】：

看看?fisher.test，它期望计数而不是预先计算的比率。比率本身并不能提供足够的信息来运行 Fisher 的精确检验，因为它们不能传达样本量。 2/4 = 0.5 的比率和 500/1000 = 0.5 的比率之间存在很大差异。
@Gregor 我在文件中也有 R1 和 R2 的计数数据。我只是不确定如何使用此数据框执行测试。
进行了编辑以显示帖子中的计数

标签： r statistics

【解决方案1】：

您需要为数据集的每一行构建一个矩阵（即 2 x 2 列联表）并将该矩阵传递给 fisher.test 命令。

df <- read.table(text="
          R1counti    R1counto     R2counti    R2counto    R1    R2
sample1    100         100          1000        1000        1     1
sample2    50          100          50           50         0.5   1
", header=T, row.names=1)


apply(df, 1, 
      function(x) {
          tbl <- matrix(as.numeric(x[1:4]), ncol=2, byrow=T)
          fisher.test(tbl, alternative="two.sided")$p.value
      })

#    sample1    sample2 
# 1.00000000 0.01209383

【讨论】：