在 proc freq 中抑制 Fisher 对 2x2 表的精确检验答案

【问题标题】：Suppressing Fisher's exact test for 2x2 table in proc freq在 proc freq 中抑制 Fisher 对 2x2 表的精确检验
【发布时间】：2016-01-04 17:56:57
【问题描述】：

规格：旧 Solaris 安装上的 SAS 9.3。在手机上发表评论；如果我的格式有问题，我很抱歉。

我有一些较大的数据集（n~=30k 患者），我想运行一些 2x2 表并为它们获取卡方 p 值。不幸的是，当您询问 2x2 表的卡方统计数据时，SAS 以其无限的智慧决定将 Fisher 精确检验作为默认输出的一部分。由于样本量大，SAS 在尝试 Fisher 精确检验时会抛出警告：

“警告：对于此样本量，无法以足够的精度计算 Fisher 精确检验。”

（如果 SAS 研究所的任何人正在阅读：朋友们，我没有要求进行该测试是有原因的！）

我需要这个警告不要发生，因为我将这个 SAS 调用嵌入到一个 GNU make 脚本中，并且 make 将在出现警告时停止。我很确定 NOWARN 只会抑制“卡方可能不准确，单元格大小这么小”警告，而不是这个警告。在这种情况下，有没有办法抑制费舍尔的精确测试本身？我也尝试过手动计算卡方，但我需要一个包含整体 N 的输出数据集，并且我不能使用不需要除 N 之外的任何统计数据的 OUTPUT 语句。

编辑：这是一个导致问题的表，{Nij} 向上取整。

var1,var2: N
-------------------
P,X: 10000
P,Y: 3600
Q,X: 13000
Q,Y: 1000

【问题讨论】：

你能发布你的代码吗？当我要求进行 CHISQ 时，我也没有得到 Fisher 测试，所以我想知道您是如何要求进行 CHISQ 测试的。
@Reeza 实际上，它会产生它 - 但据我所知，仅适用于 2x2 正方形。
我相信这是基于单元格的数量，而不是样本量。如果它足够聪明地键入样本量，我希望它不会在我的情况下这样做。
@ErinMcJ 是的 - 在我发布评论（并在您制作评论时进行编辑）之后，我意识到这一点。
@ErinMcJ 您能否发布您的 proc freq 表，以便我们生成示例数据来复制您的问题。我无法生成 1000000 样本大小的警告，但我记得之前也遇到过 20K 样本大小的警告。

标签： sas

【解决方案1】：

假设您谈论的是表本身中的警告（而不是日志中的警告），您可以使用 ODS (dest.) EXCLUDE 排除该部分。

假设 HTML 是您的目的地（否则将该部分修改为 LISTING 或 PDF 之类的）：

ods html exclude fishersexact;
proc freq data=sashelp.snacks;
  tables advertised*holiday/chisq;
run;
ods html exclude none;

【讨论】：

或者根本不指定目的地，ODS exclude fishersexact;
唉，我实际上需要一个干净的日志。
警告是否出现在日志中？（即使样本大小与您的相似，我也无法向我显示警告。）
是的，确实如此。我认为将其称为“样本大小”实际上是对真正问题的误导性简写……我认为单元格的相对大小也是一个因素。由于该测试涉及将表枚举为极端或更极端，因此某些观察到的组合需要比其他组合更多的枚举。对于上下文，这是更大问题空间的一个子集；我对同一组患者进行了 80 次测量，其中只有 3 次产生了这个错误。