biopython FeatureLocation 比较

Question

我正在使用 biopython 完成一个简单的任务：从一个特定的基因库填充中，提取一个基因 ID 和相关信息到一个表中。

当我试图比较来自不同SeqFeature 的Seq.SeqFeature.SeqFeature.location 时，它每次都会给我False。即使在以下情况下：

    from Bio.SeqFeature import FeatureLocation
    location1 = FeatureLocation(0,0,strand = 1)
    location2 = FeatureLocation(0,0,strand = 1)
    print(location1 == location2) # will print False

只有这样才能给我想要的结果：

    print(location1.start == location2.start and location1.end == location2.end and location1.strand == location2.strand) # will print True.

问题就这样解决了，但我仍然在犹豫这是出于某种原因设计的还是尚未内置比较方法。

下面是我为什么来这个问题的过程：

• 首先我只从genbank文件中提取feat.type == 'CDS'信息，发现 所有的假基因都丢失了。

• 然后我想出了这个想法，将信息记录在 feat.type == 'gene' 然后查找 'CDS' 或 'misc_feature'记录该基因的更多信息。

  这就需要确认'CDS' 或'misc_feature' 在同一位置注释，以防有多个 'misc_feature'注释同一基因的一些域。

Answer 1

我还在犹豫这是出于某种原因设计还是 只是还没有内置比较方法。

答案似乎是后者。据我所知，FeatureLocation 的 __eq__ 方法应该在 2011 年添加，但没有成功。甚至其他 Biopython 对象也注意到缺乏比较源代码中的 FeatureLocation 对象的能力厘米。

但是，它在source code for the in progress, not yet released Biopython 1.70

即将推出的实现与您的唯一区别是比较ref 和ref_db 字段，默认为None，所以如果您不使用它们，没问题。

有关更多背景信息，请参阅pull request 1309。