使用 Biopython 进行肌肉多序列比对？

Question

我刚学会使用python（和Biopython），所以这个问题可能说明我缺乏经验。

为了对文件（FileA.fasta）中的序列进行 MSA，我使用以下代码：

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
inp = 'FileA.fasta'
outp = 'FileB.fasta'
cline = MuscleCommandline(input=inp, out=outp)
cline()

我收到以下错误：

ApplicationError
... 
 Non-zero return code 127 from 'muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta', message '/bin/sh: muscle: command not found'

我知道这与可执行文件不在我的工作路径中有关。 Biopython 教程建议我更新 PATH 以包含 Muscle Tools 的位置，它为 Windows 提供了一个示例，但我不知道如何为 MAC 执行此操作。

请帮忙。

谢谢。

Answer 1

首先确保您知道您安装muscle 的位置。例如，如果您在以下位置安装了肌肉：

/usr/bin/muscle3.8.31_i86darwin64

然后你 edit /etc/paths 与：

$ sudo vi /etc/paths

每个条目由换行符分隔：

/usr/local/bin
/bin
/usr/sbin
/sbin

将适当的路径（在此示例中为 /usr/bin）添加到列表中。使用wq!保存

现在，确保 muscle 在您的路径上。尝试运行

muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta

如果可以，那么 BioPython 代码也应该可以正常工作。