BioPython KeyError答案

【问题标题】：BioPython KeyErrorBioPython KeyError
【发布时间】：2019-12-11 01:24:51
【问题描述】：

我是一名 MPH 学生，正在学习 INTRO to Data Science 课程，并且具备编程的初学者知识。我在 win32 上运行 Python 3.7.4（默认，2019 年 8 月 9 日，18:34:13）[MSC v.1915 64 bit (AMD64)] :: Anaconda, Inc.，并使用 Pycharm 作为我的 IDE。我正在使用 BioPython 构建一个网络爬虫，然后将结果保存在数据框中。
抓取的代码是这样的：

from Bio import Entrez
import pandas

# gives a list of Citation IDs in response to a search word
def search(query):
    Entrez.email = 't@gmail.com'
    handle = Entrez.esearch(db='pubmed',
                            sort='relevance',
                            retmax='15',
                            retmode='xml',
                            datatype = 'pdat',
                            mindate = '2001/01/01',
                            maxdate = '2010/01/01',
                            term=(query)
                            )
    results = Entrez.read(handle)
    return results

# Fetch the details for all the retrieved articles via the fetch utility.
def fetch_details(id_list):
    ids = ','.join(id_list)
    Entrez.email = 't@gmail.com'
    handle = Entrez.efetch(db='pubmed',
                           retmode='xml',
                           id=ids)
    results = Entrez.read(handle)
    return results

if __name__ == '__main__':
    results = search('fever')
    id_list = results['IdList']
    papers = fetch_details(id_list)

然后保存到数据框，我有这个：

pmid = []
title = []
pubyear = []
abstract = []

for i, paper in enumerate(papers['PubmedArticle']):
    pm = paper['MedlineCitation']['PMID']
    pmid.append(str(pm))
    tit = paper['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']
    title.append(tit)
    pbyr = paper['MedlineCitation']['Article']['Journal']['JournalIssue']['PubDate']['Year']
    pubyear.append(pbyr)
    ab = paper['MedlineCitation']['Article']['Abstract']['AbstractText']
    str(ab)
    abstract.append(str(ab))

# create empty dataframe
paper_df = pandas.DataFrame()

# add the PMID, Title, Publication Year, and Abstract columns
paper_df['Article_PMID'] = pmid
paper_df['Article_Title'] = title
paper_df['Publication_Year'] = pubyear
paper_df['Article_Abstract'] = abstract

我的问题变成了......当我在 esearch 函数中的 retmax 参数只有 15 时，它工作得很好。我得到 15 条记录，我需要填写所有 4 条信息。但是，当我将其更改为 16 时，出现错误。

Traceback（最近一次调用最后一次）：文件“C:/Users/lztp/Documents/UT/1_PHM_2193_Intro_to_Data_Science/PyCharm_Projects/FP_Crawler_Module_1.py”，第 69 行，在 pbyr = 论文['MedlineCitation']['Article']['Journal']['JournalIssue']['PubDate']['Year'] KeyError: '年份'

我的理解是这意味着下一条记录中不存在“年份”？我怎样才能让它跳过缺少值的记录，只保存那些具有我需要的值的记录？我尝试在 esearch 的 term 参数中使用过滤器，但又遇到了另一个错误。有没有办法检查值是否为空？或者，如果有人对如何执行此操作有任何想法，将不胜感激。

【问题讨论】：

标签： python biopython pubmed

【解决方案1】：

for i, paper in enumerate(papers['PubmedArticle']):
    try:
        pm = paper['MedlineCitation']['PMID']
        tit = paper['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']
        pbyr = paper['MedlineCitation']['Article']['Journal']['JournalIssue']['PubDate']['Year']
        ab = paper['MedlineCitation']['Article']['Abstract']['AbstractText']
    except KeyError as e:
        continue
    pmid.append(str(pm))
    title.append(tit)
    pubyear.append(pbyr)
    abstract.append(str(ab))

只需使用 try-catch 来处理。

【讨论】：