使用 jsonlite 序列化 mgcv gam 模型时出错答案

【问题标题】：Error when serializing an mgcv gam model with jsonlite使用 jsonlite 序列化 mgcv gam 模型时出错
【发布时间】：2020-04-14 09:45:06
【问题描述】：

我想用 jsonlite 以稳健的方式“序列化”一个 mgcv gam 模型，以便以后在 rpy2 中使用它。

（我所说的健壮的意思：当使用 python 时，我认为 Pickle 并不健壮，因为在每次 Python 更新之后，序列化管道都会中断。这就是为什么我更喜欢将 json 格式与 jsonlite 一起使用，这在我看来更多健壮（但我可能错了）。）

jsonlite 与 RJSONIO 相比做得相当好：mgcv 模型的每个细节都被正确序列化，除了一个名为 Environnement 的子变量：

inspection of the initial model b

inspection of the deserialized model new_b

您可以在前两张图片中看到：Environnement: namespace:stats 变为 Environnement: R_GlobalEnv

我不知道该如何处理。欢迎每一个建议。

这是一个最小的可重现示例：


> library(mgcv)
> n = 40
> x <- 1:n/n  # data between [0, 1]
> x2 <- 1:n/n  # data between [0, 1]
> x3 <- 1:n/n  # data between [0, 1]
> mu <- exp(-400*(x-.6)^2)+5*exp(-500*(x-.75)^2)/3+2*exp(-500*(x-.9)^2)
> y <- mu+0.5*rnorm(n)
> b <- gam(y~s(x)+te(x2, x3))
> 
> library(jsonlite)
> json_str = serializeJSON(b)
> new_b = unserializeJSON(json_str)
> mat     <- predict.gam(b    , type = "terms")
> new_mat <- predict.gam(new_b, type = "terms")
Error in if (object$by != "NA") { : 
  valeur manquante là où TRUE / FALSE est requis
>

【问题讨论】：

标签： r rpy2 gam jsonlite mgcv

【解决方案1】：

jsonlite 存在问题：“NA”被序列化为 NA。（问题不是环境变量变化引起的）

快速修复：

new_b$smooth[[2]]$by = "NA"
new_b$smooth[[1]]$by = "NA"
new_mat <- predict.gam(new_b, type = "terms")

【讨论】：