素食主义者中的 R cca 和 predict.cca答案

【问题标题】：R cca and predict.cca in Vegan素食主义者中的 R cca 和 predict.cca
【发布时间】：2018-11-14 22:51:21
【问题描述】：

我有一个物种表计数（数据），其中包含每个样本（行）的物种离散计数（列）。样本分为 2 类：控制和应力，它们在设计文件中由单个列表示：条件。我的想法：移除 10 个样本（测试），对（数据 - 10 个样本）进行 CCA（训练）并使用 CCA 预测 10 个样本的坐标。

train.cca

结果如下：

约束轴的特征值： CCA1 0.078

123 个无约束特征值 (CA1...CA123)

我可以用 plot(train.cca) 表示 cca 对象：

颜色：蓝色（控制）和红色（压力）。

坐标轴建立在 CCA1 坐标和第一个无约束特征值 (CA1) 之上。接下来，我尝试预测测试数据（10 个样本）：

预测(object=train.cca, model="CCA", type="wa", newdata=test)

这个函数给了我一组 10 个 CCA1 坐标：

CCA1 0.92 0.25 0.13 0.41 1.49 0.18 0.99 1.44 2.03 0.17

我的问题是：我怎样才能把这些放在情节上？所有纯素示例 (?predict.cca) 都有几个 CCA 坐标，所以我被这个我无法在图中表示的一维输出困住了（我错过了 10 个 CA1 坐标）。我做的对吗？

【问题讨论】：

标签： r prediction vegan

【解决方案1】：

确实，vegan 只返回predict 中一个组件（"CCA" 或"CA"）的分数。因此，如果您想获得来自多个组件的结果，则必须单独获取组件并将它们与 cbind() 组合，例如当 CCA 组件只有一个轴时：

ax1 <- predict(object=train.cca, model="CCA", type="wa", newdata=test)
ax2 <- predict(object=train.cca, model="CA", rank=1, type="wa", newdata=test)
ax12 <- cbind(ax1,ax2)
points(ax12) # to add points to an existing grapch

【讨论】：