素食主义者：RDA 中的重要轴心

Question

我有一个植物群落相关的数据框：

• 行代表网站
• 列代表物种

我使用vegan 函数rda(matrix ~ 1) 在其上运行RDA。现在我有了戒律的坐标轴summary(rda)$sites，但是如何找出其中哪些是重要的呢？

我进一步的问题是，如果我使用不同的排序方法，这些方法会有所不同吗？

感谢您的关注和回答。

Answer 1

我个人会说没有办法。然而，有些人提出了一些方法来找到非重要轴的数量。其中一些在vegan github issue 中进行了讨论。我个人的经验是，其中许多方法效果不佳：如果我生成具有定义数量的维度 + 随机误差的数据，则方法无法找到已知数量的轴。但是，其中许多方法很容易实现（尽管我们还没有在 vegan 中实现它们）。请参阅上面链接的讨论。

您的标题询问 PCoA，但您的示例使用 RDA。但是，类似的方法适用于两者（或者我认为两者都失败）。