素食主义者（R）中CCA图的环境向量

Question

我正在使用 CCA 函数在 vegan 包中执行约束排序。我有一个不同地点的物种组成矩阵和一个相关的环境矩阵。

invertcca<-cca(invert.rel~X100m, env)
plot(invertcca)

默认图为我提供了站点和物种分数，以及显示环境变量的向量。它很乱，但看起来是这样的：

然后我正在玩自定义情节。除了重新添加环境向量外，我几乎可以正常工作。我确实找到了“envfit”的代码，但我认为它不正确。它创建了箭头，但位置与上图不同。我在下面包含了我的代码和图片。有什么建议吗？

colvec<-c("magenta", "seagreen", "deepskyblue")
fit <- envfit(invertcca~X100m, env)

plot(invertcca, main="Invert CCA", type="n")
with(env, points(invertcca,display="sites",col=colvec[Disturbance], cex=1.2, pch=21, bg=colvec[Disturbance]))
text(invertcca, display="species", cex=0.5, col="gray0")
with(env, legend("topright", legend=levels(Disturbance), col=colvec, pch=21, pt.bg=colvec))
plot(fit, cex=1.0, axis=TRUE)

Answer 1

据我所知，这可能与您拨打envfit 有关。试试：

fit <- envfit(invertcca~100m,env,perm=999,display="lc")

我使用 vegan 包中的 varespec 数据集进行了尝试，但遇到了同样的问题，直到我按照 vegan 手册中示例中的说明进行操作。

data(varespec)
data(varechem)
ord <- cca(varespec~Al,varechem)
fit <- envfit(ord~Al,varechem,perm=999,display="lc")
plot(ord)

plot(ord,type="n")
plot(fit)
points(ord)

希望对你有帮助