python 中的 SPM Dicom 转换 (Ipython/Nipype)答案

【问题标题】：SPM Dicom Convert in python (Ipython/ Nipype)python 中的 SPM Dicom 转换 (Ipython/Nipype)
【发布时间】：2015-05-28 13:29:16
【问题描述】：

我是 python 的新手，或者更具体地说是 ipython。如NiPype所述，我一直在运行一个名为SPM的统计包中应该是非常简单的Dicom转换的步骤，用于MRI图像文件。我无法让它运行，并且想知道我做错了什么。我没有收到错误消息，而是没有文件更改或输出。它只是挂起。有谁知道我可能做错了什么？我很可能在这里遗漏了一些非常简单的东西（对不起:(

import os
from pylab import *
from glob import glob
from nipype.interfaces.matlab import MatlabCommand as mlab
mlab.set_default_paths('/home/orkney_01/s1252042/matlab/spm8')
from nipype.interfaces.spm.utils import DicomImport as di

os.chdir('/sdata/images/projects/ASD_MM/1/datafiles/restingstate_files')
filename = "reststate_directories.txt"
restingstate_files_list = [line.strip() for line in open(filename)]

for x in restingstate_files_list:
    os.chdir( x )
    y = glob('*.dcm')
    conversion = di(in_files = y))
    print(res.outputs)

【问题讨论】：

尝试在您的代码中添加一些print() 语句，这样您就可以看到它在挂起之前有多远 - 这将帮助您缩小问题所在。
/sdata/images/projects/ASD_MM/1/datafiles/restingstate_files 真的是您想要的目录吗？即 sdata 是 root 的孩子吗？如果 sdata 位于运行脚本的目录下的目录中，则删除前导 '/'

标签： python dicom nipype matlab-spm

【解决方案1】：

您正在创建一个DicomImport 接口，但实际上并没有运行它。你应该有res = di.run()。

另外，你最好在运行前使用di.base_dir = '/some/path'告诉界面在哪里运行。

最后，您可能还想打印restingstate_files_list 的内容以检查您是否正确找到了 DICOM 目录。

【讨论】：