将 DICOM 转换为 TIFF答案

【问题标题】：Convert DICOM to TIFF将 DICOM 转换为 TIFF
【发布时间】：2012-02-15 14:34:29
【问题描述】：

我是 Python 新手，如果我没有正确的所有信息，请原谅我的无知。我正在尝试通过一个目录进行光栅化，并将其中的所有 DICOM 文件转换为 TIFF 文件。我已经让搜索功能正常工作，但我很难将图像保存为 TIFF。我正在使用 pydicom 库来读取 DICOM 并操作标头信息。另外，我尝试使用 pydicom 中的 save_as 函数保存到 TIFF，但我宁愿使用 PIL 中的保存函数来正确设置 TIFF 的压缩。我认为问题在于我不能/不明白如何从 DICOM 中提取实际图像数据并将其放置在新图像中。任何帮助将不胜感激......干杯

Python 2.7 皮尔 1.1.7 Pydicom 0.9.6

【问题讨论】：

标签： python dicom pydicom

【解决方案1】：

某个时候在网上找到了相同查询的答案，虽然我不记得该网站，但当我将其应用于我的代码时，也将其分享给其他人：

 import pylab
 import dicom
 ImageFile=dicom.read_file(<SourceFilePath>) #Path to "*.dcm" file
 pylab.imshow(ImageFile.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone) #to view image

或者如果您想保存图像，请改用： pylab.imsave('<DestinationFilePath>',ImageFile.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone)

imsave 默认情况下会以 .png 格式保存图像。如果支持，您可以在imsave() 中指定所需的格式。

希望有用。

【讨论】：

【解决方案2】：

如果您知道如何使用PIL 将图像数据保存为.tiff，this example 应该可以帮助您将图像数据从pydicom 传递到PIL（还有更多here in the comments）。

【讨论】：

效果很好...我使用了 frombuffer 命令，它允许我将 dicom 像素数据保存到 tiff。现在，它似乎已经反转了所有像素强度。我使用了“I;16”模式而不是“L”。有没有办法保持强度不变？
@Masrawy，很遗憾，我无法帮助您解决这个问题（至少现在是这样）。
感谢您的帮助，您至少让我走上了正确的道路。干杯。
这是我用来将 DICOM 保存到 TIFF 的： import dicom import Image meta=dicom.read_file("dicomimage.dcm") TT=Image.frombuffer("L",imSize,meta. PixelData,"raw","",0,1) TT.save("testOUTPUT.tiff","TIFF",compression="none") 谢谢