互补DNA序列

Question

我在编写这个循环时遇到了问题；它似乎在第二个序列之后停止。

我想将互补 DNA 序列返回给给定的 DNA 序列。

例如('AGATTC') -> ('TCTAAG')，其中 A:T 和 C:G

def get_complementary_sequence(dna):
    """(str) -> str

> Return the DNA sequence that is complementary to the given DNA sequence

    >>> get_complementary_sequence('AT')
    ('TA')
    >>> get_complementary_sequence('AGATTC')
    ('TCTAAG')

    """

    x = 0
    complementary_sequence = ''

    for char in dna:
            complementary_sequence = (get_complement(dna))

    return complementary_sequence + (dna[x:x+1])

谁能发现循环不继续的原因？

Answer 1

下面是一个例子——实际上只有两行代码：

from string import maketrans

DNA="CCAGCTTATCGGGGTACCTAAATACAGAGATAT" #example DNA fragment

def complement(sequence):
  reverse = sequence[::-1]
  return reverse.translate(maketrans('ATCG','TAGC'))

print complement(DNA)

Answer 2

怎么了？

你来电：

complementary_sequence = (get_complement(dna))

...n 次，其中 n 是字符串的长度。这让你得到get_complement(dna) 的返回值在complementary_sequence 中的任何值。大概只有一个字母。

然后您返回这一个字母 (complementary_sequence)，后跟子字符串 dna[0:1]（即dna 中的第一个字母），因为x 始终是 em> 0.

这就是为什么总是返回两个字符的原因。

如何解决？

假设你有这样的功能：

def get_complement(d):
    return {'T': 'A', 'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C'}.get(d, d)

...您可以通过简单地使用str.join() 和list comprehension 来修复您的功能：

def get_complementary_sequence(dna):
    """(str) -> str

> Return the DNA sequence that is complementary to the given DNA sequence

    >>> get_complementary_sequence('AT')
    ('TA')
    >>> get_complementary_sequence('AGATTC')
    ('TCTAAG')

    """

    return ''.join([get_complement(c) for c in dna])

Answer 3

您在所有dna 上调用get_complement，而不是每个char。这将简单地使用相同的参数 len(dna) 次调用 come 函数。如果您从不使用 chars，就没有理由循环它们。如果get_complement() 可以带一个字符，我会推荐：

for char in dna:
    complementary_sequence += get_complement(char)

get_complement 的实现将采用单个字符并返回其补码。

另外，您将返回complementary_sequence + (dna[x:x+1])。如果您希望函数符合您记录的行为，+ (dna[x:x+1]) 将从 dna 字符串的开头添加一个额外的（错误的）字符。您只需返回complementary_sequence！感谢@Kevin 的关注。

你在做什么：

>>> dna = "1234"
>>> for char in dna:
...     print dna
... 
1234
1234
1234
1234

我认为更接近你想做的事情：

>>> for char in dna:
...     print char
... 
1
2
3
4

把它们放在一起：

# you could also use a list comprehension, with a join() call, but
# this is closer to your original implementation.
def get_complementary_sequence(seq):
    complement = ''
    for char in seq:
        complement += get_complement(char)
    return complement

def get_complement(base):
    complements = {'A':'T', 'T':'A', 'C':'G', 'G':'C'}
    return complements[base]

>>> get_complementary_sequence('AT')
'TA'
>>> get_complementary_sequence('AGATTC')
'TCTAAG'