如何使用 R 反向互补 DNA 链

Question

我正在尝试使用 R 反向互补 DNA 链，但是我的代码无法正常工作。

  map=c("A"="T","T"="A","G"="C","C"="G")
  r<-sapply(lapply(strsplit(y,NULL),rev),paste,collpase="")
  t<-paste(map[unlist(strsplit(r,NULL))],collapse="")
  return(t)}

这是返回 [1] "GNACNACNACNATNA"

有什么建议吗？

Answer 1

可能有很多方法可以做到这一点，包括专用的遗传学包。但是，如果您正在寻找一个简单的基本 R 方法，您可以使用 chartr 进行字符替换：

x = 'ACGTGTAC'
y = chartr('ATGC', 'TACG', x)
# [1] "TGCACATG"

然后我们可以反转结果：

intToUtf8(rev(utf8ToInt(y)))  
# [1] "GTACACGT"