创建一种方法来返回 DNA 链的 WC 互补序列答案

【问题标题】：Create a method to return the the WC complement of a DNA strand创建一种方法来返回 DNA 链的 WC 互补序列
【发布时间】：2013-02-28 18:47:53
【问题描述】：

好的，所以我被要求创建一个方法补充WC()，它的工作原理如下：

public String complementWC()

返回 Watson Crick 补码，它是代表互补 DNA 链（即双螺旋中的另一条链）的字符串。因此，将所有 T 与 A 交换，将所有 A 与 T 交换，将所有 C 与 G 交换，将所有 G 与 C 交换。

这就是我设法做到的：

private String dna;

    public String complementWC(){
        String dnaWC = "";
        for(int i=0;i<dna.length();i++){
            if(dna.charAt(i) == 'T'){
                dna.replace(dna.charAt(i), 'A');
            }
            if(dna.charAt(i) == 'A'){
                dna.replace(dna.charAt(i), 'T');
            }
            if(dna.charAt(i) == 'C'){
                dna.replace(dna.charAt(i), 'G');
            }
            if(dna.charAt(i) == 'G'){
                dna.replace(dna.charAt(i), 'C');
            }   
            dnaWC = dna;
        }
        return dnaWC;
    }

现在，问题是这个方法只返回原始 dna 而不是 WCcomplement。所以，我不确定如何将 for 循环中的字符串存储到一个名为“dnaWC”的新字符串中。

【问题讨论】：

标签： java

【解决方案1】：

字符串是不可变的。当您调用replace 时，它返回一个新字符串，而不是更改原始字符串，您会立即忽略返回的字符串。这就是为什么您的原始字符串从未改变的原因。

您可以使用StringBuilder 构建一个新字符串，这样可以节省每次替换字符时创建一个新字符串的开销，因为只会创建一个新字符串。

public String complementWC(){
    StringBuilder builder = new StringBuilder();
    for(int i=0;i<dna.length();i++){
        char c = dna.charAt(i);
        if(dna.charAt(i) == 'T'){
            builder.append('A');
        }
        if(dna.charAt(i) == 'A'){
            builder.append('T');
        }
        if(dna.charAt(i) == 'C'){
            builder.append('G');
        }
        if(dna.charAt(i) == 'G'){
            builder.append('T');
        }   
    }
    return builder.toString();
}

【讨论】：

我明白了。但是有没有办法使用替换功能，然后将新字符串存储在 'dnaWC' 中？
当然，您可以使用替换方法并将新字符串存储在dnaWC 中。您每次都会创建一个新的 String 对象，这取决于您。

【解决方案2】：

G 的补码是C（不是T）。所以应该是……

 if(dna.charAt(i) == 'G'){
        builder.append('C');
    }

【讨论】：

【解决方案3】：

public static String complementWC(String dna) {
    char[] chars = dna.toCharArray();
    for(int i = 0; i < chars.length; i++) {
        chars[i] = getComplement(chars[i]);
    }

    return new String(chars);
}

private static char getComplement(char c) {
    switch(c) {
        case 'A': return 'T';
        case 'T': return 'A';
        case 'C': return 'G';
        case 'G': return 'C';
    }

    return c;
}

【讨论】：