反向补体 DNA答案

【问题标题】：Reverse complement DNA反向补体 DNA
【发布时间】：2013-10-24 15:55:32
【问题描述】：

我有这个在 python 中反向互补 DNA 的方程：

def complement(s): 
    basecomplement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'} 
    letters = list(s) 
    letters = [basecomplement[base] for base in letters] 
    return ''.join(letters)
def revcom(s):
    complement(s[::-1])
print("ACGTAAA")
print(complement("ACGTAAA"[::-1]))
print(revcom("ACGTAAA"))

然而行：

print(complement("ACGTAAA"[::-1]))
print(revcom("ACGTAAA"))

彼此不相等。只有第一行给出了答案。底部只打印“NONE”

有什么帮助吗？

【问题讨论】：

我打赌它打印的是None，而不是"NONE"。这实际上是一个重要的区别。请记住，在寻求调试帮助时，请务必在错误发生时准确报告错误。

标签： python bioinformatics dna-sequence

【解决方案1】：

您忘记了revcom 中的return 语句。试试这个：

def revcom(s):
    return complement(s[::-1])

如果您没有从 Python 中的函数显式返回值，则该函数将返回 None。

【讨论】：

【解决方案2】：

Python3，包括核苷酸的整个 IUPAC 字母表：

def revcomp(seq):
    return seq.translate(str.maketrans('ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd', 'TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh'))[::-1]

在 Python2 中：

from string import maketrans

def revcomp(seq):
    return seq.translate(maketrans('ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd', 'TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh'))[::-1]

【讨论】：

【解决方案3】：

反向互补 DNA 序列的一个漂亮的衬线：

revcompl = lambda x: ''.join([{'A':'T','C':'G','G':'C','T':'A'}[B] for B in x][::-1])
print revcompl("AGTCAGCAT")

【讨论】：

【解决方案4】：

你需要returnrevcom()的结果。

【讨论】：

【解决方案5】：

`a = "AAAACCCGGT"
a= a[::-1]
print("reverse: "+a)
a = a.replace('A','a')
a = a.replace('T','A')
a = a.replace('a','T')
a = a.replace('C','c')
a = a.replace('G','C')
a = a.replace('c','G')
print("complement : "+a)`

【讨论】：