按组计算总样本和正样本

Question

我有一个这样的数据框；

df <- data.frame(concentration=c(0,0,0,0,2,2,2,2,4,4,6,6,6),
             result=c(0,0,0,0,0,0,1,0,1,0,1,1,1))

我想计算每个浓度水平的结果总数。 我想计算每个浓度水平的阳性样本数。 我想创建一个具有集中度、总结果和阳性数的新数据框。

conc pos_c total_c
0    0     4
2    1     4
4    1     2
6    3     3

这是我迄今为止使用 plyr 想出的；

c <- count(df, "concentration")
r <- count(df, "concentration","result")
names(c)[which(names(c) == "freq")] <- "total_c"
names(r)[which(names(r) == "freq")] <- "pos_c"
cbind(c,r)

  concentration total_c concentration pos_c
1             0       4             0     0
2             2       4             2     1
3             4       2             4     1
4             6       3             6     3

重复浓度列。我认为可能有一种更好/更简单的方法可以做到这一点，我错过了。也许另一个图书馆。我不确定如何在 R 中做到这一点，这对我来说相对较新。谢谢。

Answer 1

我们需要sum 的群组。使用tidyverse，我们按'浓度（group_by）分组，然后summarise得到两列 - 1）sum的逻辑表达式（result > 0），2）行数（n() )

library(dplyr)
df %>% 
  group_by(conc = concentration) %>% 
  summarise(pos_c = sum(result > 0), # in the example just sum(result) 
                    total_c = n())
# A tibble: 4 x 3
#   conc pos_c total_c
#  <dbl> <int>   <int>
#1     0     0       4
#2     2     1       4
#3     4     1       2
#4     6     3       3

---

或将base R 与table 和addmargins 一起使用

addmargins(table(df), 2)[,-1]