BioPython Entrez 在作为模块调用时不返回结果答案

【问题标题】：BioPython Entrez not returning results when called as a moduleBioPython Entrez 在作为模块调用时不返回结果
【发布时间】：2015-12-03 03:42:50
【问题描述】：

我正在尝试使用 PubMed 的 Entrez 通过 BioPython 模块搜索论文。我遇到的问题是，当我将搜索脚本作为独立脚本运行时，它可以工作，但是当我从另一个脚本调用它时，它会返回一个空结果。我已经包含了下面的示例。

PaperSearch.py

from Bio import Entrez

def search(query):
    Entrez.email = 'me@example.com'
    handle = Entrez.esearch(db='pubmed',
                        sort='relevance',
                        retmax='50',
                        retmode='xml',
                        term=query)
    results = Entrez.read(handle)
    return results

if __name__ == '__main__':
    results = search('cancer')
    print(results)

main.py

import PaperSearch

query = 'cancer'
results = PaperSearch.search(query)
print results

这是 Windows 7 上的 Python 2.7。

谢谢

【问题讨论】：

标签： biopython

【解决方案1】：

模块文件名为 PaperSearch.py，但您似乎没有导入正确的名称。

将 Main.py 更改为：

import PaperSearch

query = 'cancer'
results = PaperSearch.search(query)
print results

【讨论】：

感谢 azalea，看来我很擅长在为 stackoverflow 复制和整理代码时犯错。不幸的是，这不是问题
那我就不知道了。您的代码在我的机器上按预期运行，并且您的答案与您的原始代码完全相同，只是在您的原始代码中，您仍然使用了错误的模块名称。
是的，当我调试它时真的很沮丧，因为我可以自己运行 PaperSearch.py 并获得正确的结果，但是当我调用它时它不会返回任何内容。当我开始使用它时，我会在 Linux 中尝试它，并且可能会看到它按应有的方式运行。不过，感谢您的帮助和时间。

【解决方案2】：

为了解决这个问题，我不得不从 PaperSearch.py 中调用 def 然后返回输出。

PaperSearch.py

from Bio import Entrez

def search(query):
    Entrez.email = 'me@example.com'
    handle = Entrez.esearch(db='pubmed',
                    sort='relevance',
                    retmax='50',
                    retmode='xml',
                    term=query)
    results = Entrez.read(handle)
    return results

def start_search(query):
    papers = search(query)

    return papers

if __name__ == '__main__':
    results = search('cancer')
    print(results)

main.py

import PaperSearch

query = 'cancer'
results = PaperSearch.start_search(query)
print results

不确定这是否是因为我在 Windows 上运行，但还没有测试过任何 Linux，因为我正在写这篇文章，目前只能在 Windows 上运行。

【讨论】：