BioPython Entrez 文章限制答案

【问题标题】：BioPython Entrez article limitBioPython Entrez 文章限制
【发布时间】：2023-02-06 01:13:31
【问题描述】：

我一直在使用经典的文章函数，它返回一个字符串的文章 enter image description here

我现在注意到我收到的文章数量有限制（不是我放在 retmax 中的文章）。我得到的金额是9999 PMIDS，对于曾经返回100k PMIDS的关键字（例如T细胞）

enter image description here 我现在得到的金额

enter image description here 我以前得到的金额

我知道这不是包本身的错误，而是 NCBI 中的错误。有人设法解决了吗？

【问题讨论】：

标签： biopython ncbi

【解决方案1】：

来自：The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More

retmax

要在 XML 输出中显示的检索集中的 UID 总数（默认值 = 20）。默认情况下，ESearch 仅包括在 XML 输出中检索到的前 20 个 UID。如果 usehistory 设置为 'y'，则检索集的其余部分将存储在历史服务器上；否则这些 UID 将丢失。增加 retmax 允许更多检索到的 UID 包含在 XML 输出中，最多 10,000 条记录。

要从 PubMed 以外的数据库中检索超过 10,000 个 UID，请提交多个 esearch 请求，同时递增 retstart 的值（参见应用程序 3）。对于 PubMed，ESearch 只能检索与查询匹配的前 10,000 条记录。要获取超过 10,000 条 PubMed 记录，请考虑使用包含附加逻辑的方法来批量处理 PubMed 搜索结果

【讨论】：