如何导航 Biopython Entrez efetch 的结果？答案

【问题标题】：How do I navigate results of a Biopython Entrez efetch?如何导航 Biopython Entrez efetch 的结果？
【发布时间】：2014-09-02 21:11:27
【问题描述】：

当我运行以下命令时；

from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio import Entrez, SeqIO
Entrez.email = "A.N.Other@example.com"
handle = Entrez.efetch(db="Protein", id= "75192198", rettype = "xml")
record = Entrez.read(handle)

我得到了一个很难搜索的“Bio.Entrez.Parser.DictionaryElement”。如果我想说获取氨基酸序列，我必须输入这样的内容；

record["Bioseq-set_seq-set"][0]["Seq-entry_seq"]["Bioseq"]["Bioseq_inst"]["Seq-inst"]["Seq-inst_seq-data"]["Seq-data"]["Seq-data_iupacaa"]["IUPACaa"]

我知道必须有一种更简单的方法来索引这些结果中的元素。如果有人能帮我解决这个问题，我将不胜感激。

【问题讨论】：

标签： python python-2.7 biopython ncbi

【解决方案1】：

如果您想要的是序列，那么不要以“xml”格式查询它，而是通过更改rettype 参数以（例如）FASTA format 查询它。然后就像使用SeqIO 解析它一样简单。

handle = Entrez.efetch(db="Protein", id= "75192198", rettype = "fasta")

for r in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
    print r.id, r.seq

这是因为handle 的内容看起来像：

print handle.read()
# >gi|75192198|sp|Q9MAH8.1|TCP3_ARATH RecName: Full=Transcription factor TCP3
# MAPDNDHFLDSPSPPLLEMRHHQSATENGGGCGEIVEVQGGHIVRSTGRKDRHSKVCTAKGPRDRRVRLS
# APTAIQFYDVQDRLGFDRPSKAVDWLITKAKSAIDDLAQLPPWNPADTLRQHAAAAANAKPRKTKTLISP
# PPPQPEETEHHRIGEEEDNESSFLPASMDSDSIADTIKSFFPVASTQQSYHHQPPSRGNTQNQDLLRLSL
# QSFQNGPPFPNQTEPALFSGQSNNQLAFDSSTASWEQSHQSPEFGKIQRLVSWNNVGAAESAGSTGGFVF
# ASPSSLHPVYSQSQLLSQRGPLQSINTPMIRAWFDPHHHHHHHQQSMTTDDLHHHHPYHIPPGIHQSAIP
# GIAFASSGEFSGFRIPARFQGEQEEHGGDNKPSSASSDSRH

如果您仍然需要一些其他元信息（例如基因内的转录因子结合位点，或生物体的分类），您还可以通过提供参数rettype="gb" 并解析为以 genbank 格式下载它"gb"。您可以在示例here 中了解更多信息。

【讨论】：