如何在 Octave 3.8.2 中计算红细胞/圆圈答案

【问题标题】：How to count red blood cells/circles in Octave 3.8.2如何在 Octave 3.8.2 中计算红细胞/圆圈
【发布时间】：2015-04-17 01:57:45
【问题描述】：

我有一张包含一组单元格的图像，我需要对它们进行计数。我使用 bwlabel 进行了类似的练习，但这个练习更具挑战性，因为有一些我不想计算的小单元格。此外，一些单元格相互重叠。我在网上似乎有一些 MATLAB 示例，但它们都涉及不可用的功能。你知道如何分离重叠的单元格吗？

图片如下：

为了更清楚：请帮我计算红细胞（呈圆形）的数量，如下所示：

图像是灰度的，但我认为您可以区分哪些是红细胞。它们有一个独特的双凹形状......其他一切都无关紧要。但更具体地说，这里是一张图片，所有我想忽略/丢弃/不计数的东西都以红色突出显示。

主要问题是单元格重叠。

【问题讨论】：

你想做什么？请创建一个mcve。如果你不告诉我们，你很难知道你在做什么。例如，您要排除哪些？ mcve 会告诉我们。
对不起，我不清楚。我需要计算图像中较大圆圈的红细胞数量。其中一些在彼此之上，使得 bwlabel 函数将它们视为一个对象。此外，还有一些我想忽略的小点。我能够使用 bwareaopen 删除它们。
我真的不知道如何解释它......而且我没有包含任何代码，因为我已经知道为什么我的策略不起作用。我希望有人能告诉我另一种方式。
恐怕没什么用。你的问题没有很好的定义。你还得给我们看。添加另一张图片，例如手动用红色圆圈或其他方式突出显示您要删除的图片。

标签： image-processing count octave

【解决方案1】：

以下是执行此操作的 ImageJ 宏（也是免费软件）。我建议您使用 ImageJ（或 Fiji）来探索这种类型的东西。然后，如果你真的需要它，你可以编写一个 Octave 程序来完成它。

run ("8-bit");
setAutoThreshold ("Default");
setOption ("BlackBackground", false);
run ("Convert to Mask");
run ("Fill Holes");
run ("Watershed");
run ("Analyze Particles...", "size=100-Infinity exclude clear add");

这种方法给出了这样的结果：

它与点击等效为：

图像 > 类型 > 8 位
图像 > 调整 > 阈值
在阈值对话框中选择“默认”并取消选中“深色背景”。然后点击“应用”。
处理 > 二进制 > 填充孔
流程 > 二进制 > 分水岭
分析 > 分析粒子... 7 在“分析粒子”对话框中将“100-Infinity”设置为有效粒径范围

在 ImageJ 上，如果您有一个二值图像，分水岭实际上会执行距离变换，然后是分水岭。

Octave 具备上述所有功能，但分水岭除外（我计划尽快实现）。

如果你不能使用 ImageJ 来解决你的问题（为什么不呢？它也可以在无头模式下运行），那么另一种方法是获取每个对象的面积，如果太高，则假设它是多个单元格。这有点取决于您的问题，以及是否可以生成平均单元大小（和错误）的值。

另一种方法是测量每个已识别对象的圆度。重叠的单元格会不那么圆，您可以这样识别它们。

这取决于您愿意在程序输出中接受多少错误。

【讨论】：

感谢您的回答。然而，这是一个必须使用 Octave 完成的大学项目。我能够数出 27 个细胞，但这是因为重叠区域中丢失了 4 个细胞。我现在正在尝试使用 regionprops 'Area' 和 'Perimeter' 来分析它们。
@r_laezza 如果您一直阅读我的答案，我还建议如何在 Octave 上执行此操作，但确切的代码将取决于您的需求并且需要一些前期工作。您将需要一个平均像元大小（和错误）来识别可能的 duplets，以便解决没有分水岭的问题。

【解决方案2】：

这只是为了帮助消除“噪音”，但为什么不继续使用 bwlabel 并尝试使用 bwareaopen 来摆脱小物体呢？看起来单元格很大，只需设置一些大小阈值即可摆脱小物体http://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/46398-removing-objects-which-have-area-greater-and-lesser-than-some-threshold-areas-and-extracting-only-th

对于重叠的单元格，可能为单个单元格的大小设置一个上限。因此，当您有两个单元格重叠时，它会将其归类为“大于一个单元格”或类似的东西。所以它至少可以识别形状，但不能准确确定有多少个单元格

【讨论】：

感谢您的回答，但我已经在使用 bwareaopen 了，效果很好。但是，使用 Octave，我仍然无法计算重叠的单元格......我已经找到了最大单元格的面积（1238 像素），并且我能够计算所有聚合体的数量，除了右下角。我现在正在尝试同时使用面积和周长以获得更好的结果。