从催化剂控制器调用子程序

Question

我正在研究为数据库设计前端的催化剂。我是 perl 和催化剂的新手。我在控制器中遇到一个错误。

我想从一个表中获取基因名称并将每个基因名称传递给一个子程序gene_name（调用一个子程序gene_name），它将执行某些功能。我知道如何获取带有基因名称的列，但它们是以哈希引用的形式对其他表进行的。我对gene_name 的调用不起作用。

知道如何将值传递给子例程而不是引用吗？ 我的代码如下：

my @gene_list = $c->model('Gene::GeneTable')->search({      
},{
                column =>[qw/symbol/],
}
);
foreach my $gene (@gene_list){
push @gene_aliases, &gene_name($gene);
}

执行代码后我得到的错误如下：

DBIx::Class::ResultSet::find(): Can't bind a reference (MyApp::Model::Gene::GeneTable=HASH(0x7ff6d88b7c58))

更新

我的gene_name() 子例程在我包含在控制器中的另一个模块中。现在我已经改变了for循环（在控制器中）如下，目前它正在将基因名称传递给gene_name（）以获取别名（但查询保持不变）：

foreach my $gene (@gene_list){
push @gene_aliases, &gene_name($gene-> symbol);
}

我正在访问我的视图文件中的@gene_aliases，如下所示：

[% FOREACH g in gene_aliases -%]
[% g %]
[% END -%]

上面的代码是在页面中获取哈希引用而不是名称。我无法在网页上显示基因名称。如果我在 for 循环中给出 [% g.symbol %] 则页面将为空且没有错误消息。希望这足以回答我的问题。如果不是，我会详细说明。

我的SQL查询如下：

Select Symbol from GeneTable;

提前致谢

更新2

由于我不是全职程序员，所以我在博客上提出这些问题。请帮助我解决我的问题。如果我有从用户获取基因名称的搜索表单，并且该基因名称必须传递给gene_name() 子例程，我该如何传递这个（传递给控制器​​以及如何调用gene_name()）。请帮助我解决这个问题。 我在view.tt中的表格如下：

<form method="post" action "[% c.uri_for('/gene')%]">
<input type="text" name="search_alias">
<input type="submit" name="alias_search" value="Search">
</form>

我所有的别名都在另一个名为 Alias 的表中，该表在gene_name() 子例程中使用。

Answer 1

gene_name() 函数需要传递给它的 GeneTable 对象，或者您可以这样调用它：gene_name($gene->symbol)。

话虽如此，根据您提供的有限信息，控制器看起来并不适合这样做。

将gene_name 作为Gene::GeneTable 本身的方法会更有意义，即：

package GeneTable;

...

sub gene_name {
    my $self = shift;
    my $gene_name = ... # do something with $self->symbol
    $gene_name
}

...

因此->gene_name 方法可用于任何上下文中的任何 GeneTable 对象。

更新 在 OP 最初的两个 cmets 之后

听起来gene_name()（可能应该称为gene_aliases()）是一个基因对象的方法。将这样的转换放入 Controller 并不符合良好的 MVC 理念。

大概你在某处有模型代码 - MyApp/Model/Gene/ 很可能 - 这个子应该存在于Gene/GeneTable.pm 中。然后你可以这样使用它：

[%- FOREACH g IN gene_list -%]
    [% g.symbol %]<br/><ul>
    [%- FOREACH gn IN g.gene_name -%]
    <li>[% gn %]</li>
    [%- END -%]
    </ul>
[%- END -%]

在您的模板中，以及您拥有 GeneTable 对象或其集合的任何其他地方。

更新 #2 更新后的问题

DBIx:Class 在列表上下文中调用时将返回一个对象数组。或许您需要添加一些 Data::Dumper->Dumper() 调用来了解每个步骤返回给您的内容。

我建议您在致电->search() 后立即添加以下行：

$c->log->debug("gene_list contains: ", Data::Dumper->Dumper(\@gene_list));

...在您填充之后，可能还有对 @gene_aliases 的等效调试。

这可能会让您更清楚地了解您从搜索中得到的结果，但我冒昧地猜测您会得到 Gene::GeneTable 对象。