【发布时间】：2025-11-23 23:50:02
【问题描述】：
我们有一个用于切割适配器https://github.com/vsbuffalo/scythe/blob/master/README.md 的工具，我们希望它可以用于原始文件夹中的所有文件，并将每个文件分别输出为 OUT+文件名。
我写的这个脚本有问题，因为它没有单独处理每个文件，而且整个事情都不能正常工作。它会生成一个名为 OUT+files 的空文件
预期的操作会是这样的：
取file1，在上面使用scythe，将输出写为OUTfile1
获取文件2等
#!/bin/bash
FILES=/home/dave/raw/*
for f in $FILES
do
echo "Processing the $f file..."
/home/deve/scythe/scythe -a /home/dev/scythe/illumina_adapters.fa -o "OUT"+$f $f
done
此外，我注意到（测试单个文件）该脚本仅使用了 130 个可用内核中的一个。有什么办法可以改善吗？
【问题讨论】：
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关于多线程，例如：
for i in $(seq 1 10) ; do sleep 10 & done ; wait更多，例如，这里：maketecheasier.com/run-bash-commands-background-linux -
除非你在谈论让你的 scythe 程序使用线程，否则我怀疑你想要 multiple processes，而不是 threads，因为 shell 对此一无所知线程。查看 GNU 并行。
标签： linux bash multithreading bioinformatics