如何使用 Python 的 pylab.figure 绘制一个非常大的热图？

Question

我正在使用pylab.figure 绘制热图。这没有什么不寻常的，我在较小的热图尺寸上得到了很好的结果。

问题：我想绘制一个大约 30 行和近 2000 列的热图。这行得通——除了我无法让标签以可读的非重叠方式呈现。

我尝试使用figsize 和dpi，但它所做的只是重新调整输出图像的最终分辨率。我实际上未能使图像足够宽，以使标签不再重叠。

代码摘录：

fig = pylab.figure(figsize = (640,30), dpi = 50)
axmatrix = fig.add_axes([ 0.1, 0.1, 0.85, 0.1 ])
axmatrix.tick_params(axis='both', which='major', labelsize = 8)
im = axmatrix.matshow(ordered_observations, aspect = 'auto', origin = 'lower', cmap = pylab.cm.YlGnBu)

axcolor = fig.add_axes([ 0.96, 0.1, 0.01, 0.1 ])
pylab.colorbar(im, cax = axcolor)

axmatrix.set_xticks(range(0, len(right) - 1))
axmatrix.set_yticks(range(0, len(left) - 1))
axmatrix.set_xticklabels(map(lambda name: name, list(right)[0:len(right) - 1]), rotation = 90)
axmatrix.set_yticklabels(map(lambda name: name, list(left)[0:len(left) - 1]))

fig.show()
fig.savefig('linkage.png')

谢谢，

金

编辑：ordered_observationssn-p：

[[ 0.5   0.5   0.5  ...,  0.5   0.5   0.5 ]
 [ 1.    1.    1.   ...,  0.5   0.5   0.5 ]
 [ 1.    1.    1.   ...,  0.5   0.5   0.5 ]
 ...,
 [ 0.25  0.2   0.2  ...,  0.2   0.2   0.2 ]
 [ 0.25  0.2   0.2  ...,  0.2   0.2   0.2 ]
 [ 0.25  0.2   0.2  ...,  0.2   0.2   0.2 ]]

这是截断的 pylab 输出。真实数据是一个 29 x 1835 的矩阵。

编辑2：与其将我的数据存放在任何地方，不如通过以下代码sn-p生成测试数据。

import numpy
import random
ordered_observations = numpy.array([ [ random.random() for column in range(0, 1835) ] for row in range(0, 29) ])

编辑 3：一个完整​​的工作示例。

import numpy
import random
import pylab

left = range(0, 29)
right = range(0, 1835)
ordered_observations = numpy.array([ [ random.random() for column in range(0, 1835) ] for row in range(0, 29) ])

fig = pylab.figure(figsize = (640,30), dpi = 50)
axmatrix = fig.add_axes([ 0.1, 0.1, 0.85, 0.1 ])
axmatrix.tick_params(axis='both', which='major', labelsize = 8)
im = axmatrix.matshow(ordered_observations, aspect = 'auto', origin = 'lower', cmap = pylab.cm.YlGnBu)

axcolor = fig.add_axes([ 0.96, 0.1, 0.01, 0.1 ])
pylab.colorbar(im, cax = axcolor)

axmatrix.set_xticks(range(0, len(right) - 1))
axmatrix.set_yticks(range(0, len(left) - 1))
axmatrix.set_xticklabels(map(lambda name: name, list(right)[0:len(right) - 1]), rotation = 90)
axmatrix.set_yticklabels(map(lambda name: name, list(left)[0:len(left) - 1]))

fig.show()
fig.savefig('linkage.png')

解决方法

看起来这是一个棘手的问题，所以我最终放弃并使用了这个解决方法：

• 为 200 列的跨度绘制多个热图

Answer 1

我想你可以使用下面的代码来设置字体更小

ax.tick_params(axis='both', which='major', labelsize=9)

但是，我可能无法完全理解您的问题。你能把ordered_observations的内容保存在一个文件中并附上吗？