使用 ggplot2 绘制大范围的热图答案

【问题标题】：Plotting heatmap with large range with ggplot2使用 ggplot2 绘制大范围的热图
【发布时间】：2020-05-22 05:59:12
【问题描述】：

假设我有一个范围很大的数据

data = c(1:5, 30:40, 58, 200:210, 400)

我尝试使用 R 包“RColorBrewer”来绘制它，但值 1:5 几乎是白色。

如何绘制漂亮的热图？就像从 1:5 逐渐从白色变为绿色，然后 30:40 从蓝色变为紫色......等等但另一个问题是像 58 这样的单一值......

【问题讨论】：

我想说 ggplot 和 RColorBrewer 都不可能知道你想如何重新调整这些值。因此，也许您可以根据需要简单地重新评估向量，然后使用新值绘制热图。

标签： r ggplot2 heatmap

【解决方案1】：

正如 cmets 中所指出的，您想要的调色板似乎不太可能完全自动化。但是，手动创建定制调色板并不难。

在下文中，我采用了一些 base R colour names 并使用内置函数 colorRampPalette 对它们进行了插值，并使用帮助器 f 进行了插值，只是为了方便。

通过这种方式，您可以创建任何您喜欢的调色板：

library(ggplot2)

data <- c(1:5, 30:40, 58, 200:210, 400)

f <- function(n, col1, col2 = NULL) colorRampPalette(c(col1, col2))(n)

colours <- c(
  f(5, "white", "cyan"),
  f(11, "blue", "purple"),
  f(1, "violet"),
  f(11, "pink", "red"),
  f(1, "black")
)

ggplot(NULL, aes(x = factor(data), y = 1, fill = factor(data))) +
  geom_tile() +
  scale_fill_manual(values = colours) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1)) # Just to fit reprex

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2020 年 5 月 22 日创建}

显然，您必须使用实际的颜色值来获得看起来适合您的数据的东西。请注意，您不需要使用 R 定义的颜色名称。colorRampPalette（因此f）也采用十六进制颜色，例如，如果您特别喜欢其中一些颜色，您可以从ColorBrewer 获取.

【讨论】：