【发布时间】:2015-06-14 07:56:31
【问题描述】:
在 Python Pandas 中,检查 DataFrame 是否具有一个(或多个)NaN 值的最佳方法是什么?
我知道函数pd.isnan,但这会为每个元素返回一个布尔值的DataFrame。 This post 这里也没有完全回答我的问题。
【问题讨论】:
标签: python pandas dataframe nan
在 Python Pandas 中,检查 DataFrame 是否具有一个(或多个)NaN 值的最佳方法是什么?
我知道函数pd.isnan,但这会为每个元素返回一个布尔值的DataFrame。 This post 这里也没有完全回答我的问题。
【问题讨论】:
标签: python pandas dataframe nan
df.isnull().any().any() 应该这样做。
【讨论】:
您有几个选择。
import pandas as pd
import numpy as np
df = pd.DataFrame(np.random.randn(10,6))
# Make a few areas have NaN values
df.iloc[1:3,1] = np.nan
df.iloc[5,3] = np.nan
df.iloc[7:9,5] = np.nan
现在数据框看起来像这样:
0 1 2 3 4 5
0 0.520113 0.884000 1.260966 -0.236597 0.312972 -0.196281
1 -0.837552 NaN 0.143017 0.862355 0.346550 0.842952
2 -0.452595 NaN -0.420790 0.456215 1.203459 0.527425
3 0.317503 -0.917042 1.780938 -1.584102 0.432745 0.389797
4 -0.722852 1.704820 -0.113821 -1.466458 0.083002 0.011722
5 -0.622851 -0.251935 -1.498837 NaN 1.098323 0.273814
6 0.329585 0.075312 -0.690209 -3.807924 0.489317 -0.841368
7 -1.123433 -1.187496 1.868894 -2.046456 -0.949718 NaN
8 1.133880 -0.110447 0.050385 -1.158387 0.188222 NaN
9 -0.513741 1.196259 0.704537 0.982395 -0.585040 -1.693810
df.isnull().any().any() - 返回一个布尔值你知道isnull() 会返回这样的数据框:
0 1 2 3 4 5
0 False False False False False False
1 False True False False False False
2 False True False False False False
3 False False False False False False
4 False False False False False False
5 False False False True False False
6 False False False False False False
7 False False False False False True
8 False False False False False True
9 False False False False False False
如果您将其设为df.isnull().any(),则只能找到具有NaN 值的列:
0 False
1 True
2 False
3 True
4 False
5 True
dtype: bool
另外一个.any() 会告诉你以上是否是True
> df.isnull().any().any()
True
df.isnull().sum().sum() - 这将返回 NaN 值总数的整数:这与.any().any() 的操作方式相同,首先给出一列中NaN 值的总和,然后是这些值的总和:
df.isnull().sum()
0 0
1 2
2 0
3 1
4 0
5 2
dtype: int64
最后,获取DataFrame中NaN值的总数:
df.isnull().sum().sum()
5
【讨论】:
.any(axis=None) 而不是.any().any()?
jwilner 的回复很到位。我正在探索是否有更快的选择,因为根据我的经验,对平面数组求和(奇怪地)比计数要快。这段代码似乎更快:
df.isnull().values.any()
import numpy as np
import pandas as pd
import perfplot
def setup(n):
df = pd.DataFrame(np.random.randn(n))
df[df > 0.9] = np.nan
return df
def isnull_any(df):
return df.isnull().any()
def isnull_values_sum(df):
return df.isnull().values.sum() > 0
def isnull_sum(df):
return df.isnull().sum() > 0
def isnull_values_any(df):
return df.isnull().values.any()
perfplot.save(
"out.png",
setup=setup,
kernels=[isnull_any, isnull_values_sum, isnull_sum, isnull_values_any],
n_range=[2 ** k for k in range(25)],
)
df.isnull().sum().sum() 有点慢,但当然还有额外的信息——NaNs 的数量。
【讨论】:
pandas 没有内置函数。从@JGreenwell 的帖子来看,df.describe() 确实可以做到这一点,但没有直接的功能。
df.describe()(没有找到NaNs)。使用 1000 x 1000 数组,单个调用需要 1.15 秒。
df.isnull().values.sum() 比df.isnull().values.flatten().sum() 快一点
.flatten() 以进行张贴。谢谢。
df.isnull().values.any(),对我来说它比其他人更快。
根据您处理的数据类型,您还可以在执行 EDA 时通过将 dropna 设置为 False 来获取每列的值计数。
for col in df:
print df[col].value_counts(dropna=False)
适用于分类变量,但当您有许多唯一值时则效果不佳。
【讨论】:
如果您需要知道“一个或多个NaNs”有多少行:
df.isnull().T.any().T.sum()
或者如果您需要提取这些行并检查它们:
nan_rows = df[df.isnull().T.any()]
【讨论】:
由于pandas 必须为DataFrame.dropna() 找出这一点,我看了一下他们是如何实现它的,发现他们使用了DataFrame.count(),它计算DataFrame 中的所有非空值.参照。 pandas source code。我没有对这项技术进行基准测试,但我认为库的作者可能已经做出了明智的选择。
【讨论】:
由于没有人提及,所以只有另一个变量名为hasnans。
df[i].hasnans 将输出到 True 如果 pandas 系列中的一个或多个值是 NaN,如果不是,则输出到 False。请注意,它不是函数。
熊猫版本“0.19.2”和“0.20.2”
【讨论】:
df = DataFrame([1,None], columns=['foo']),则df.hasnans 将抛出AttributeError,但df.foo.hasnans 将返回True。
添加到 Hobs 的精彩回答,我对 Python 和 Pandas 很陌生,所以如果我错了,请指出。
要找出哪些行有 NaN:
nan_rows = df[df.isnull().any(1)]
将执行相同的操作而无需转置,方法是将 any() 的轴指定为 1 以检查行中是否存在“真”。
【讨论】:
any(axis=1) 简化。
只是使用 math.isnan(x),如果 x 是 NaN(不是数字)则返回 True,否则返回 False。
【讨论】:
x 是一个DataFrame 时,我认为math.isnan(x) 不会起作用。你会得到一个 TypeError 。
要找出特定列中哪些行具有 NaN:
nan_rows = df[df['name column'].isnull()]
【讨论】:
non_nan_rows = df[df['name column'].notnull()]。
或者您可以在DF 上使用.info(),例如:
df.info(null_counts=True) 返回列中的非空行数,例如:
<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
Int64Index: 3276314 entries, 0 to 3276313
Data columns (total 10 columns):
n_matches 3276314 non-null int64
avg_pic_distance 3276314 non-null float64
【讨论】:
这是另一种有趣的查找 null 并替换为计算值的方法
#Creating the DataFrame
testdf = pd.DataFrame({'Tenure':[1,2,3,4,5],'Monthly':[10,20,30,40,50],'Yearly':[10,40,np.nan,np.nan,250]})
>>> testdf2
Monthly Tenure Yearly
0 10 1 10.0
1 20 2 40.0
2 30 3 NaN
3 40 4 NaN
4 50 5 250.0
#Identifying the rows with empty columns
nan_rows = testdf2[testdf2['Yearly'].isnull()]
>>> nan_rows
Monthly Tenure Yearly
2 30 3 NaN
3 40 4 NaN
#Getting the rows# into a list
>>> index = list(nan_rows.index)
>>> index
[2, 3]
# Replacing null values with calculated value
>>> for i in index:
testdf2['Yearly'][i] = testdf2['Monthly'][i] * testdf2['Tenure'][i]
>>> testdf2
Monthly Tenure Yearly
0 10 1 10.0
1 20 2 40.0
2 30 3 90.0
3 40 4 160.0
4 50 5 250.0
【讨论】:
df.isna().any(axis=None)
Starting from v0.23.2,您可以使用DataFrame.isna + DataFrame.any(axis=None),其中axis=None 指定整个DataFrame 的逻辑归约。
# Setup
df = pd.DataFrame({'A': [1, 2, np.nan], 'B' : [np.nan, 4, 5]})
df
A B
0 1.0 NaN
1 2.0 4.0
2 NaN 5.0
df.isna()
A B
0 False True
1 False False
2 True False
df.isna().any(axis=None)
# True
numpy.isnan
如果您运行的是旧版本的 pandas,另一个高性能选项。
np.isnan(df.values)
array([[False, True],
[False, False],
[ True, False]])
np.isnan(df.values).any()
# True
或者,检查总和:
np.isnan(df.values).sum()
# 2
np.isnan(df.values).sum() > 0
# True
Series.hasnans
你也可以反复调用Series.hasnans。例如,要检查单个列是否有 NaN,
df['A'].hasnans
# True
要检查 any 列是否有 NaN,您可以使用带有 any 的理解(这是一个短路操作)。
any(df[c].hasnans for c in df)
# True
这实际上非常快。
【讨论】:
df.apply(axis=0, func=lambda x : any(pd.isnull(x)))
将检查每一列是否包含 Nan。
【讨论】:
我一直在使用以下内容并将其转换为字符串并检查 nan 值
(str(df.at[index, 'column']) == 'nan')
这使我可以检查系列中的特定值,而不仅仅是返回是否包含在系列中的某个位置。
【讨论】:
pandas.isna() 有什么优势吗?
【讨论】:
df.isnull().sum()
这将为您计算 DataFrame 的各个列中存在的所有 NaN 值。
【讨论】:
让 df 成为 Pandas DataFrame 的名称,任何 numpy.nan 的值都是空值。
如果您想查看哪些列有空值,哪些没有(只是 True 和 False)
df.isnull().any()
如果您只想查看包含空值的列
df.loc[:, df.isnull().any()].columns
如果您想查看每列中的空值计数
df.isna().sum()
如果您想查看每列中空值的百分比
df.isna().sum()/(len(df))*100
如果您想查看仅包含空值的列中空值的百分比:
df.loc[:,list(df.loc[:,df.isnull().any()].columns)].isnull().sum()/(len(df))*100
编辑 1:
如果您想直观地查看数据丢失的位置:
import missingno
missingdata_df = df.columns[df.isnull().any()].tolist()
missingno.matrix(df[missingdata_df])
【讨论】:
df.isna().sum() 呢?
您不仅可以检查是否存在任何“NaN”,还可以使用以下方法获取每列中“NaN”的百分比,
df = pd.DataFrame({'col1':[1,2,3,4,5],'col2':[6,np.nan,8,9,10]})
df
col1 col2
0 1 6.0
1 2 NaN
2 3 8.0
3 4 9.0
4 5 10.0
df.isnull().sum()/len(df)
col1 0.0
col2 0.2
dtype: float64
【讨论】:
我们可以通过使用 seaborn 模块heatmap 生成热图来查看数据集中存在的空值
import pandas as pd
import seaborn as sns
dataset=pd.read_csv('train.csv')
sns.heatmap(dataset.isnull(),cbar=False)
【讨论】:
为此,我们可以使用声明 df.isna().any() 。这将检查我们所有的列,如果有任何缺失值,则返回True,如果没有缺失值,则返回NaNs,或False。
【讨论】:
试试下面的
df.isnull().sum()
或
df.isna().values.any()
【讨论】:
另一种方法是dropna 并检查长度是否相等:
>>> len(df.dropna()) != len(df)
True
>>>
【讨论】:
我建议使用 values 属性,因为对数组的评估要快得多。
arr = np.random.randn(100, 100)
arr[40, 40] = np.nan
df = pd.DataFrame(arr)
%timeit np.isnan(df.values).any() # 7.56 µs
%timeit np.isnan(df).any() # 627 µs
%timeit df.isna().any(axis=None) # 572 µs
结果:
7.56 µs ± 447 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100000 loops each)
627 µs ± 40.3 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000 loops each)
572 µs ± 15.3 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1000 loops each)
注意:您需要在 Jupyter 笔记本中运行 %timeit 才能工作
【讨论】:
Bar representation for missing values
import missingno
missingno.bar(df)# will give you exact no of values and values missing
【讨论】: