在 R 中，素食者的 CCA 是否存在“拟合优度”值，类似于 NMDS 的“压力”值？答案

【问题标题】：in R, does a "goodness of fit" value exist for vegan's CCA, similar to NMDS's "stress" value?在 R 中，素食者的 CCA 是否存在“拟合优度”值，类似于 NMDS 的“压力”值？
【发布时间】：2018-02-09 12:19:35
【问题描述】：

我想知道是否有一种方法可以从纯素 cca 对象中提取类似于 metaMDS“压力”值的东西？我已经尝试过 goodness.cca 函数及其亲属

(http://cc.oulu.fi/~jarioksa/softhelp/vegan/html/goodness.cca.html)

他们告诉我每个样本的统计数据，但我对将多维系统简化为二维的整体拟合优度感兴趣（如果存在类似的情况，因为它使用不同的计算）。如果可能的话，我想继续吃素食，虽然我在这里找到了这个链接：

(Goodness of fit in CCA in R)

非常感谢

【问题讨论】：

我在使用isomap 时也很困惑。不知何故，我发现属性 GOF 是拟合优度的缩写，尽管它有两个值，我不知道如何使用这两个值。

标签： r vegan goodness-of-fit

【解决方案1】：

称为特征值。之前有人抱怨说 NMDS 没有特征值之类的东西，只有应力。数据中的总变化是所有特征值的总和，因此特征值的比例或特征值的累积总和占总数的比例是解释的。所有这些都可以使用eigenvals() 及其summary() 提取（请参阅?eigenvals 的帮助）。轴的重要性测试可通过其anova.cca() 函数获得（查看其文档以获取参考）。

您提到的网页是关于另一种方法，规范相关。在 vegan 中，我们在 CCorA 中使用了置换测试。只需选择您的方法，然后找到您的工具。

【讨论】：

嘿@Jari Oksanen，感谢您的解释。由于数学技能有限，很难理解特征值代表什么（压力对我来说更容易想象），但我想我现在明白了。所以最终我将所有信息汇总在一起，向人们展示我的 CCA 实际上是可靠的 ;-)