RandomForestSRC 错误和 vimp

Question

我正在尝试根据 R 中的 RANDOMFORESTSRC 插图执行随机森林生存分析。我有一个包含 59 个变量的数据框 - 其中 14 个是数字，其余是因子。其中 2 个数字是 TIME（距离死亡的天数）和 DIED（0/1 死亡与否）。我遇到了两个问题：

trainrfsrc<- rfsrc(Surv(TIME, DIED) ~ .,
                   data = train, nsplit = 10, na.action = "na.impute") 

trainrfsrc 给出：错误率：17.07%

工作正常，但探索错误率，例如：

plot(gg_error(trainrfsrc))+ coord_cartesian(y = c(.09,.31)) 

返回：

geom_path: Each group consists of only one observation. Do you need to adjust the group aesthetic?

或：

a<-(gg_error(trainrfsrc))

a 
error ntree 1 NA 1 2 NA 2 3 NA 3 4 NA 4 5 NA 5 6 NA 6 7 NA 7 8 NA 8 9 NA 9 10 NA 10 

所有 1000 棵树都不适用。为什么每个尝试的树都没有错误率？

第二个问题是在尝试使用 VIMP 探索最重要的变量时，例如：

plot(gg_vimp(trainrfsrc)) + theme(legend.position = c(.8,.2))+ labs(fill = "VIMP > 0")

它返回：

In gg_vimp.rfsrc(trainrfsrc) : rfsrc object does not contain VIMP information. Calculating...

有什么想法吗？谢谢

Answer 1

设置 err.block=1（或 1 和 ntree 之间的某个整数）应该可以解决返回 NA 错误的问题。您可以查看 rfsrc 下的帮助文件以了解有关 err.block 的更多信息。