R从文件中读取邻接列表

Question

我有一个带有图形邻接列表的 output.csv 文件。格式如下..

每一行都以源节点（一个整数）开头，然后是它所连接的节点。节点通过空格 (' ') 分隔符彼此分隔并与源节点分隔。

快照如下：

0 2 5 8
1 2 7 4 6
2 0 1
3 4 7 8
4 1 3

我想把它读成邻接列表格式并用它在 igraph 中绘图。最简单的方法是什么？谢谢..

Answer 1

您的数据不是正确的邻接列表，因为它缺少 5-8 的列表。所以我刚刚从您的列表中删除了这些顶点。

Igraph 具有从邻接表创建图的功能，因此您只需读入数据，并使用graph.adjlist 从邻接表创建图。这是一种方法，不一定是最简单的：

## magrittr for the %>% pipes
library(magrittr)
library(igraph)

## sample data
text <- "0 2\n1 2 4\n2 0 1\n3 4\n4 1 3"

## read in as lines, replace textConnection(text) with your file name
lines <- readLines(textConnection(text))

g <- lines %>% 
  strsplit(split = " ") %>%     # 1
  lapply(as.numeric) %>%        # 2
  lapply(extract, -1) %>%       # 3
  lapply(add, 1) %>%            # 4
  graph.adjlist(mode = "all")   # 5

g
#> IGRAPH U--- 5 4 -- 
#> + edges:
#> [1] 1--3 2--3 2--5 4--5

对长管道步骤的一些解释：

1. 我们在单个空格处分割行。
2. 将它们转换为数字。
3. 删除每行的第一个数字，graph.adjlist 不需要。
4. 将所有数字加一，因为 igraph 顶点 ID 以 1 开头，而您的似乎以 0 开头。
5. 调用graph.adjlist 创建无向图。