在 igraph R 中选择具有特定边权重的邻域

【问题标题】：choose neighborhood that have specific edge weights in igraph R在 igraph R 中选择具有特定边权重的邻域
【发布时间】：2013-12-04 11:59:46
【问题描述】：

我有一个权重为 1 和 2 的加权无向网络。我需要选择距离最多 5 步的所有顶点的邻居。然而，这 5 个步骤应包括 2 个权重 = 2 的边。例如，如果所有 5 条边的权重为 1，则应排除这些邻居。问题：如何选择与特定边权重相连的邻居？

代码：

matrix= matrix(as.integer(runif(100,0,3)), 10, 10)
matrix
ntwrk=graph.adjacency(matrix,weighted=TRUE, mode="undirected")
neighborhood(ntwrk,5)

现在，我需要找出其中哪一个包含 weight=2 的边。然后，我只需要保留那些邻居，并用neighborhood.size 测量邻域大小

【问题讨论】：

标签： r igraph

【解决方案1】：

neighborhood 的结果是边列表的列表。您可以使用lapply 并使用属性权重过滤每个列表。

res.tokeep <- lapply(res, function(x) which(E(ntwrk)[x]$weight==2))

这是一个完整的例子，我在权重过滤器之前和之后绘制图表。

library(igraph)
set.seed(1)
mat = matrix(as.integer(runif(10*10,0,3)), 10, 10)

ntwrk=graph.adjacency(mat,weighted=TRUE, mode="undirected")
res <- neighborhood(ntwrk,5)
op <- par(mfrow=c(1,2))
E(ntwrk)$label <- E(ntwrk)$weight
plot(ntwrk)
res.tokeep <- lapply(res, function(x) which(E(ntwrk)[x]$weight==2))
res.todelete <- lapply(res, function(x) which(E(ntwrk)[x]$weight!=2))

ntwrk <- delete.vertices(ntwrk, unique(unlist(res.todelete)))
plot(ntwrk)

par(mfrow=op)

【讨论】：

好的，但据我了解，邻域的结果是顶点列表，而不是边。