【发布时间】：2012-04-09 13:00:21
【问题描述】：
好的，这就是我想要做的：
获取两个以上的字符串并“对齐”它们（没有 DNA/RNA 序列等，只是常规字符串，每个字符串中的项目不超过 1000 个）
我已经完成了一些成对对齐（对齐两个字符串）的工作，但是当我尝试对齐多个字符串时，“间隙”给我带来了一些问题。
示例（我目前正在测试）：
ABCDEF
ABGHCEEF
AJKLBCDYEOF
AB--CDEF
ABGHCEEF
=======================
AB--C-EF
A-B--C--E-F
AJKLBCDYEOF
=======================
A----C--E-F
还有另一个（更具说明性的）示例：
http://nest.drkameleon.com
http://www.google.com
http://www.yahoo.com
http://nest.drkameleon.com
http://-www.--google--.com
=======================
http://----.------le--.com
http://----.------le--.com
http://-www.-----yahoo.com
=======================
http://----.----------.com
我目前在做什么：
- 对字符串进行排序（较长的字符串排在最前面）
- 对齐第一对：A-B 并得到结果（比如说
R1） - 然后对齐第二对：
R1和C（结果为R2） - 然后对齐第三对：
R2和D - 等等……
那么你的想法是什么？我怎么能这样做呢？有没有更好的办法？ （当然，一定有……）
我宁愿在 Perl/Python 或类似的东西中这样做，但是任何类型的代码/参考都会受到欢迎！ :-)
【问题讨论】：
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您能否发布一些输入和输出的示例？我不是 100% 你真正想做的事。
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还可以看看这篇文章，它详细解释了python中的LCS问题。 wordaligned.org/articles/longest-common-subsequence#toc21
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@Li-aungYip 这就是我的意思：stackoverflow.com/questions/10065293/how-to-align-2-strings
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@luke14free 这是正确的；虽然，它只处理成对对齐。我需要的是一种对齐超过 2 个字符串序列的方法...
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我建议你给我们一些样本组来处理，这样我们就可以知道字符串的不同之处以及它们的相似之处。
标签： python objective-c perl lcs sequence-alignment