如何从R中的rds文件中提取集群数据

Question

我已阅读 RDS 文件，该文件在运行 PCA 和 UMAP 后存储数据。我得到了各种集群。但是，我只想要 2 个集群数据，关于哪些单元格属于这些组。

我使用sce_3_1_1_after_5000_23@meta.data$seurat_clusters获取集群。

是否有对特定集群数据进行子集化的功能？请推荐

提前谢谢你

Answer 1

请使用dput() 获得可重现的示例。 我认为您可以使用 dplyr 包的filter 来选择属于想要的集群的行：

filter(your_dataset, class_column == "cluster_1" & class_column == "cluster_2")

在这里，我假设您的数据集包含一个列 class_column，它表示观测值的集群标签。