每当我尝试在 R 中安装软件包时，都会收到以下错误：
Error in readRDS(file) : unknown input format
这只是在我系统崩溃后才开始发生的。我在 Windows 7 下运行 32 位 R 2.13.0。我尝试删除并重新安装 R，但仍然出现错误。有什么办法可以在不删除所有内容（即我已安装的所有软件包）并重新开始的情况下解决此问题？
谢谢
【问题讨论】：
这些是我遇到的建议：
.Rhistory 和 .RData 文件。update.packages()
尝试检测库目录中的“坏文件”。你可以在R中做到这一点
# List the library paths
# The issue is likely to be in the first directory
paths = .libPaths()
## Try and detect bad files
list.files(paths,
pattern = "^00LOCK*|*\\.rds$|*\\.RDS$",
full.names = TRUE)
## List files of size 0
l = list.files(paths, full.names = TRUE)
l[sapply(l, file.size) == 0]
删除所有突出显示的文件/目录。如果你真的想的话，你可以使用file.remove()。
删除存储下载包的目录。
只有解决方案 3 对我有用。
参考：
【讨论】：
file.remove()自动删除大小为0的文件吗？
运行find /usr/local/lib/R/site-library/ /usr/lib/R/library/ /usr/lib/R/site-library/ ~/.local/lib/ -iname '*rds' -a -size 0，然后删除找到的文件。
【讨论】：
/usr/local/lib/R/site-library/00LOCK-pkg)。删除文件后，我重新安装了受影响的软件包。
Chunxiao Xu 和 Rando Hinn 的上述解决方案对我有用，只是稍作调整。
首先，将目录更改为您的个人 R 包目录，然后运行：find -iname '*rds' -a -size 0
删除上述列表中包含任何长度为 0 的文件的目录。然后重新打开 R（或 RStudio）并重新安装已删除的包。
您现在应该可以再次列出软件包了。
Chunxiao Xu 上面的原始建议列出了所有的 R 包目录。但是这些目录的确切位置会因安装而异，并且必须为您的安装编辑它们的地址。
拉里·亨斯克
【讨论】：
一些简单的尝试：如果是 .rda 文件，请使用 load 而不是 readRDS。然后，您可以将加载的文件另存为 .rds 并再次尝试 readRDS。
【讨论】：
为了解决这个错误，我必须采取以下措施：
【讨论】：
这发生在我在安装几个 R 包的过程中必须重新启动机器之后。我通过物理删除相应库目录中的文件来删除最新安装的软件包，重新安装它们，一切都很好。我还必须删除库目录中的 00LOCK 目录。
【讨论】：
您可能对 R 包有一些问题。 看看是你安装了一些打包后出现的问题还是你复制了这些包。
您可以做的是从库中复制所有包并将其保存在某处，然后在库中复制一些包并重新启动 R 测试它，看看它是如何工作的，您必须对所有包一一尝试。 我有同样的问题，这是由于包装问题。
【讨论】：
我在打开 .RDS 文件时也遇到了几个问题，“从连接读取错误”或“未知输入格式”。我尝试了几个 R 版本，版本为 3.4.2。以下工作： （我不小心卸载了rstudio又重新安装了，还安装了旧的R版本3.4.2，不知道有什么变化）
Data_Essay_Account <- readRDS("C:/.../newdirectory/Data_Essay_Account.RDS") 命令，它成功了。以某种方式正确下载它然后移动它不起作用，只有在我将它放在临时文件中之后。我最初尝试过硬删除包对我不起作用。
【讨论】：
code 非常重要的单词要粗体，次要的单词要斜体必要时也可以使用列表
与这里的前几个答案不同，我的问题不是通过安装 RStudio 或清理本地文件来解决的，而是通过重写 RDS 文件来解决的。
我可以确认这一点，因为该文件存储在云中，并且从各种 Windows 和 Mac 笔记本电脑读取它都失败了，但来自同一个 S3 存储桶的类似 RDS 文件可以正常工作。
当我重新编写RDS 文件时，问题就消失了。
【讨论】：
我在几个论坛上检查了这个问题，然后我尝试了这个，它对我有用：
1) 先把ggplot2包去掉
remove.packages("ggplot2")
2) 然后再次安装包
install.packages("ggplot2")
3) 重启 rstudio 并再次安装你的包，希望对你有帮助
似乎问题出在所需的包（在我的情况下为 ggplot2）损坏并妨碍了任何新依赖包的安装。
【讨论】：
我遇到了与 OP 相同的问题，但在我的情况下，问题 .rds 文件不是 0 字节，而是文件大小 >0 并且充满了 NULL 字符（至少我打开它们时看到的是在记事本++中）
通过在加载给我错误的库之前使用debugonce(loadNamespace)（在我的示例中是VIM 包），我最终将我的问题追溯到forcats 包的META 文件夹中损坏的.rds 文件，在我安装VIM时作为第5代导入安装的
(In the rstudio environment pane)
__NamesSpacesLoading__ chr[1:5] "forcats" "haven" "rio" "car" "VIM"
然后我通过删除并重新安装 forcats 解决了 VIM 问题
调整@csgillespie 接受的答案中的代码，我可以通过尝试读取以下所有 rds 文件来找到这一点
paths = .libPaths()
l <- list.files(paths,
pattern = "*\\.rds$",
ignore.case = T,
recursive = T,
full.names = TRUE)
checkRDS <- function(file) {
tryCatch({
readRDS(file)
"OK"
},
error = function(cond) {
return("Error")
})
}
l[sapply(l,checkRDS)=="Error"]
【讨论】：
我能够通过使用.libPaths() 并找到 4.1 文件夹来修复它（我的 R 版本是 4.1，因此可能会有所不同）。从那里我关闭了 R studio 并删除了每个包的所有文件夹。
我重新安装了所有软件包，并通过错误消息找到了无法下载的软件包。当我找到未下载的软件包时，我使用以下命令安装它们：install.packages("package", type = "binary")。
有点长，但解决了我所有的问题。
【讨论】：