如何从 R 中的集群创建 newick 文件？答案

【问题标题】：How to create a newick file from a cluster in R?如何从 R 中的集群创建 newick 文件？
【发布时间】：2014-02-12 12:22:06
【问题描述】：

下面的这个脚本运行良好，可以很好地获得包含大量数据集的集群，但我需要将集群放入一个 newick 文件或文本文件中，以便我可以将它从 R 导出到其他编辑程序，但我找不到一种将 hclust 转换为 newick 格式的方法，我该怎么做？我觉得 new2phylo 功能可能会完成这项工作，但我们没有设法让它发挥作用。

非常感谢您的帮助，因为我们到处搜索并找不到解决方案 =(

datos <- read.table("morphclustersred.csv",header=T,sep="\t")
head(datos)
distfunc <- function(x) daisy(x,metric="gower")
d <- distfunc(datos)
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete")
fit <- hclustfunc(d)
plot(fit)
plot(fit, labels=datos$Species,main='Morphological Clustering')
rect.hclust(fit, k=5, border="red")

【问题讨论】：

什么是新文件？
你检查过Bioconductor或library(sos); findFn("write newick")吗？
非常感谢罗曼！！得到它的工作！伟大的！该函数来自 ctc write(hc2Newick(fit), file='hclust.newick')
@Spacedman newick 格式（文件）为a way of representing graph-theoretical trees with edge lengths using parentheses and commas。

标签： r cluster-computing hclust

【解决方案1】：

您可以使用 ape 包中的 write.tree 函数来实现。试试这个：

library(ape)
class(fit) # must be hclust class
my_tree <- as.phylo(fit) 
write.tree(phy=my_tree, file="exported_tree.newick") # look for the file in your working directory

希望这会有所帮助。

【讨论】：

【解决方案2】：

我只能通过以下转换步骤从热图中提取 .nwk 格式：

dendro --> hcclust --> phylo --> nwk

我知道这有点小技巧，但这里是代码：

# Heatmap of data frame 'data' saved as 'heat'
heat <- heatmap.2(as.matrix(data))

# Extract dendrograms for rows and columns from 'heat'
row.dendro <- heat$rowDendrogram
col.dendro <- heat$colDendrogram

# Convert dendrograms to nwk (via .hcclust and .phylo formats!)
as.hclust (row.dendro)  ->row.hcclust
as.phylo  (row.hcclust) ->row.phylo
write.tree(row.phylo)   ->row.nwk

as.hclust (col.dendro)  ->col.hcclust
as.phylo  (col.hcclust) ->col.phylo
write.tree(col.phylo)   ->col.nwk

【讨论】：