igraph中的函数“共享邻居分布”答案

【问题标题】：Function "shared neighbors distribution" in igraphigraph中的函数“共享邻居分布”
【发布时间】：2019-05-23 12:18:47
【问题描述】：

我想知道是否有人可以给我一些关于在给定集群的情况下编写诸如“共享邻居分布”之类的函数的线索。我发现 Cytoscape NetworkAnalyzer 中的这个功能对我的研究目的非常有用。由于我有许多要分析的集群，因此为这项工作编写一个脚本会很方便。欢迎提出使用 igraph、networkx 等的建议。非常感谢你！

例如：

edgelist <- read.table(text = "
E   B
E   A
B   D
B   F
B   C
A   C
A   F
A   D")

library(igraph)
graph <- graph.data.frame(edgelist,directed=F)
plot(graph)

我们会看到这样的图表： enter image description here

其中两个节点（C、D、E、F）共享节点 A 和 B。即 6 次。节点 A 和 B 共享节点（C、D、E、F）。总的来说，总结应该是这样的： enter image description here

我不知道是否有更好的解决方案，而不是编写一个循环（获取每个顶点的邻居，并比较它们）。

【问题讨论】：

你好。为了提供帮助，你能告诉我们这个函数需要什么样的输入以及输出是什么？到目前为止，您尝试过什么？
谢谢@Joel，我稍微修改了一下我的问题。简而言之，输入是一个图，输出是共享邻居数量的分布。
我有一个这样的想法：将图转换成邻接矩阵matrix <- get.adjacency(graph, type=c("both")) 然后我们按照行的内容对矩阵进行排序。

标签： networkx igraph

【解决方案1】：

Networkx 没有针对此问题的内置函数，因此您应该手动完成。此外，如果有的话，这些函数在它们内部使用节点循环。所以节点循环实际上是一个最优或次优的解决方案。对于您的代码，您可以使用 Python defaultdicts 使其更简单：

import networkx as nx
from collections import defaultdict

G = nx.Graph()
G.add_edges_from([
    ("E", "B"),
    ("E", "A"),
    ("B", "D"),
    ("B", "F"),
    ("B", "C"),
    ("A", "C"),
    ("A", "F"),
    ("A", "D")
])
snd = defaultdict(int)
for n1 in G.nodes:
    for n2 in G.nodes:
        len_nbrs = len(set(G.neighbors(n1)) & set(G.neighbors(n2)))
        if len_nbrs:
            snd[len_nbrs] += 1
snd

所以snd 看起来像这样：

defaultdict(int, {2: 16, 4: 4})

【讨论】：

如果我的回答对你有帮助，如果你能支持/接受我的回答，我将不胜感激:)
但是当我将它用于我的示例网络时，结果似乎不正确。它返回defaultdict(int, {0: 8})
你有有向图还是无向图？
无向图@vurmux
你能把你的图表添加到问题中吗？

【解决方案2】：

非常感谢@vurmux 提供的框架和想法。我只是调整了配对组合，以避免自我配对、重复等。然后我们得到了正确的答案。伟大的。干杯！

import networkx as nx
from collections import defaultdict
from itertools import combinations

G = nx.Graph()
G.add_edges_from([
    ("E", "B"),
    ("E", "A"),
    ("B", "D"),
    ("B", "F"),
    ("B", "C"),
    ("A", "C"),
    ("A", "F"),
    ("A", "D")
])

snd = defaultdict(int)
l =G.nodes()
comb =combinations(l,2) # combinations('ABCD', 2) --> AB AC AD BC BD CD
for i in list(comb):
    len_nbrs = len(set(G.neighbors(i[0])) & set(G.neighbors(i[1])))
    if len_nbrs:
        snd[len_nbrs] += 1

snd

现在我们有了：

defaultdict(int, {2: 6, 4: 1})

【讨论】：