R中igraph包中的邻居函数答案

【问题标题】：neighbors function in igraph package in RR中igraph包中的邻居函数
【发布时间】：2015-03-17 09:57:52
【问题描述】：

首先我想说我已经阅读了问题的答案：“R“igraph”包邻居函数的问题”，我试图解决我的问题，但我不能。我试图将我的问题作为后续评论提出，但由于声誉低下，我无法提出，因此我提出了这个新问题。现在这是我的问题：我对邻居功能有同样的问题，因为它已在以下内容中解释过： "igraph” package neighbor function 但是当我尝试Gabor Csardi 给出的解决方案时，我刚刚收到 null 作为结果。我在这里也附上了我的那部分代码。我会非常感谢任何帮助和回答。我的桌子：

edgelist <- read.table(text = "
1 2
2 3
3 4
4 5
3 6
6 7")
library(igraph)
graph <- graph.data.frame(edgelist)

str(graph)
## IGRAPH DN-- 7 6 -- 
## + attr: name (v/c)
## + edges (vertex names):
## [1] 1->2 2->3 3->4 4->5 3->6 6->7

现在如果我想要节点 3 的邻居，它应该是

2, 4, 6

但我得到的结果是：

2, 4, 5

我注意到它改变了我的节点顺序。正如我在尝试在堆栈溢出中找到的解决方案之前解释的那样，但结果为 null：

graph$name[neighbors(graph, 3)]
   NULL

我不知道我还能做什么，我将不胜感激。

【问题讨论】：

标签： r graph igraph neighbours

【解决方案1】：

在我们开始之前，您应该小心不要混淆给定顶点的标签/名称和索引/编号。当您将这两个数字用于标签和索引时，事情很快就会变得混乱。为了避免混淆，我在这里使用了字母

edgelist <- read.table(text = "
A B
B C
C D
D E
C F
F G")  

library(igraph)
graph <- graph.data.frame(edgelist)
str(graph)
#IGRAPH DN-- 7 6 -- 
# + attr: name (v/c)
# + edges (vertex names):
# [1] A->B B->C C->D D->E C->F F->G

要查看正在处理的内容，我们绘制它：

plot(graph)

要获取邻居的索引，请执行以下操作：（记住有一个mode 参数）

neighbors(graph, 3, mode = "total")  # Index of neighbours by index
## [1] 2 4 5
neighbors(graph, "C", mode = "total")  # Index of neighbours by label
## [1] 2 4 5

要执行 Gabor 建议的操作，您需要执行以下操作。（我认为他错过了V( )，并在他的帖子中写了graph$name，而他的意思是V(graph)$name）

# Label of neighbours by label
V(graph)$name[neighbors(graph, "C", mode = "total")]
## [1] "B" "D" "F"

这给出了相应“邻居”的标签。与图片相符。

编辑糟糕。我搞砸了。使用E() 而不是V()。它似乎按预期工作。对不起。

【讨论】：

【解决方案2】：

或者，您可以使用 which 为您提供所需的索引：

neighbors(g,which(V(g)$name %in% 'A'),mode='in')

【讨论】：