ggplot2：按分类变量拆分散点图

Question

我正在尝试生成一个散点图，其中 x 轴是连续变量的几个类别。最接近它的是曼哈顿图，其中 x 轴按染色体（分类）分割，但在每个类别中，值是连续的。

数据：

chr <- sample(x = c(1,2), replace = T, size = 1000)
bp  <- as.integer(runif(n = 1000, min = 0, max = 10000))
p   <- runif(n = 1000, min = 0, max = 1)
df <- data.frame(chr,bp,p)

起点：

ggplot(df, aes(y = -log10(p), x =bp)) + geom_point(colour=chr)

红点和黑点应该是沿 x 轴的不同类别。

Answer 1

我不确定我是否理解了你的问题。可能您正在寻找方面。请参阅示例。

require(ggplot2)

chr <- sample(x = c(1,2), replace = T, size = 1000)
bp  <- as.integer(runif(n = 1000, min = 0, max = 10000))
p   <- runif(n = 1000, min = 0, max = 1)
df <- data.frame(chr,bp,p)

ggplot(df, aes(y = -log10(p), x = bp)) +
  geom_point(aes(colour = factor(chr))) +
  facet_wrap("chr")

Answer 2

如果您真的想在单个绘图而不是构面中执行此操作，您可以有条件地重新调整您的 x 变量，然后手动调整标签，例如：

df %>%
    mutate(bp.scaled = ifelse(chr == 2, bp + 10000, bp)) %>%
    ggplot(aes(y = -log10(p), x = bp.scaled)) + geom_point(colour=chr) +
    scale_x_continuous(breaks = seq(0,20000,2500),
                       labels = c(seq(0,10000,2500), seq(2500,10000,2500)))

结果：