使用 ggplot2 制作带有分类轴的散点图

Question

我有一个如下所示的数据集：

region    expression    species/gene
reg1      4             humanA
reg1      5             humanB
reg1      4             ratA
reg1      6             ratB
reg2      3             humanA
reg2      5             humanB
reg2      8             ratA
reg2      2             ratB

我想在 x 轴上绘制区域 1-n，在 y 轴上绘制表达式值，按物种/基因的值进行颜色编码。我还想通过每个物种/基因组绘制趋势线，并在边缘显示 r 值。理想情况下，我会使用某种格式

ggplot(data, aes(x=xvar, y=yvar)) +
geom_point(shape=1) +    
geom_smooth(method=lm) +
geom_point(shape=19, alpha=1/4) 

但我太笨了，无法弄清楚如何将它与我的数据纠缠在一起。提前致谢！

Answer 1

试试这个例子：

library(ggplot2)
ggplot(dat,aes(x=region,y=expression,
   group=species.gene,color=species.gene)) + 
  geom_line()